Codex use case
Annoter des données scRNA-seq
Examinez le contrôle qualité des données unicellulaires, les annotations et les UMAP dans une même discussion.
Utilisez ChatGPT avec le plugin NGS Analysis pour transformer un ensemble de fichiers matriciels au format 10x en artefacts d’analyse unicellulaire filtrés selon les critères de contrôle qualité, en récapitulatifs de filtrage avec justification des seuils, en annotations et en UMAP que vous pouvez examiner et réviser dans la même discussion.
Idéal pour
- Équipes spécialisées dans l’analyse unicellulaire qui réalisent, après la génération des comptages, le contrôle qualité au niveau matriciel, l’annotation et la visualisation.
- Chercheurs ayant besoin d’un filtrage avec justification des seuils et d’une trace d’audit des cellules supprimées ou signalées.
- Équipes souhaitant disposer d’une interface de révision portable comprenant des figures générées, un index des visualisations et un transfert vers un notebook ou une application.
Contents
Annoter des données scRNA-seq
Examinez le contrôle qualité des données unicellulaires, les annotations et les UMAP dans une même discussion.
Utilisez ChatGPT avec le plugin NGS Analysis pour transformer un ensemble de fichiers matriciels au format 10x en artefacts d’analyse unicellulaire filtrés selon les critères de contrôle qualité, en récapitulatifs de filtrage avec justification des seuils, en annotations et en UMAP que vous pouvez examiner et réviser dans la même discussion.
Utilisez ChatGPT avec le plugin NGS Analysis pour transformer un ensemble de fichiers matriciels au format 10x en artefacts d’analyse unicellulaire filtrés selon les critères de contrôle qualité, en récapitulatifs de filtrage avec justification des seuils, en annotations et en UMAP que vous pouvez examiner et réviser dans la même discussion.
Liens connexes
Idéal pour
- Équipes spécialisées dans l’analyse unicellulaire qui réalisent, après la génération des comptages, le contrôle qualité au niveau matriciel, l’annotation et la visualisation.
- Chercheurs ayant besoin d’un filtrage avec justification des seuils et d’une trace d’audit des cellules supprimées ou signalées.
- Équipes souhaitant disposer d’une interface de révision portable comprenant des figures générées, un index des visualisations et un transfert vers un notebook ou une application.
Skills et plugins
- Effectuez le contrôle qualité post-comptage des données unicellulaires et renvoyez des artefacts de filtrage, de visualisation, d’annotation et de notebook.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | Effectuez le contrôle qualité post-comptage des données unicellulaires et renvoyez des artefacts de filtrage, de visualisation, d’annotation et de notebook. |
Prompt de démarrage
Tirez parti des Skills
Le plugin NGS Analysis comprend :
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
Lorsque vous utilisez le plugin, ChatGPT peut exploiter tous les Skills qu’il regroupe.
Guide étape par étape
- Indiquez à ChatGPT les fichiers appropriés de matrice, de codes-barres et de gènes ou caractéristiques, ainsi que le manifeste et les métadonnées du jeu de données, ou fournissez les références exactes des fichiers.
- Exécutez le prompt de démarrage afin que ChatGPT choisisse les seuils de contrôle qualité d’après les distributions observées et consigne leur justification dans les artefacts produits par l’exécution.
- Ouvrez l’index des visualisations et le notebook ou l’application de révision pour examiner le nombre de cellules satisfaisant ou non aux critères de contrôle qualité, les UMAP et le niveau de confiance des annotations.
- Poursuivez dans la même discussion pour affiner les seuils, fournir un atlas de référence correspondant ou relancer l’analyse après avoir débloqué la détection des doublets.
Résultats
L’exécution produit une interface de révision des décisions de filtrage, pas seulement une matrice filtrée. Commencez par les graphiques justifiant les seuils et le récapitulatif du contrôle qualité pour voir combien de cellules chaque filtre a supprimées ou signalées et si les seuils retenus correspondent aux distributions observées.
Examinez ensuite les UMAP générées par étiquette générale et par cluster Leiden. Ces vues facilitent le repérage des annotations manquantes, des clusters suspects ou des seuils qui nécessitent un nouvel examen.
Enfin, examinez les métriques par cellule et les résultats du filtrage. ChatGPT conserve
ce tableau avec le fichier .h5ad filtré et les artefacts de visualisation afin que vous puissiez
ajuster les seuils dans la même discussion sans perdre la justification de la
première passe.
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