Codex use case
Anote dados de scRNA-seq
Revise o controle de qualidade, as anotações e os UMAPs de células individuais em um só chat.
Use o ChatGPT com o plugin NGS Analysis para processar um conjunto de arquivos de matriz no formato 10x. No mesmo chat, você pode examinar e revisar os dados de células individuais filtrados pelo controle de qualidade (QC), os resumos da filtragem com a justificativa dos limiares escolhidos, as anotações e os UMAPs.
Best for
- Equipes que trabalham com dados de células individuais e usam a matriz de contagens para fazer o controle de qualidade, anotar células e gerar visualizações.
- Pesquisadores que precisam justificar os limiares de filtragem e manter um registro auditável das células removidas ou sinalizadas.
- Equipes que querem um ambiente portátil para revisar as figuras geradas, consultar um índice de visualizações e compartilhar os resultados em um notebook ou aplicativo.
Contents
Anote dados de scRNA-seq
Revise o controle de qualidade, as anotações e os UMAPs de células individuais em um só chat.
Use o ChatGPT com o plugin NGS Analysis para processar um conjunto de arquivos de matriz no formato 10x. No mesmo chat, você pode examinar e revisar os dados de células individuais filtrados pelo controle de qualidade (QC), os resumos da filtragem com a justificativa dos limiares escolhidos, as anotações e os UMAPs.
Use o ChatGPT com o plugin NGS Analysis para processar um conjunto de arquivos de matriz no formato 10x. No mesmo chat, você pode examinar e revisar os dados de células individuais filtrados pelo controle de qualidade (QC), os resumos da filtragem com a justificativa dos limiares escolhidos, as anotações e os UMAPs.
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Best for
- Equipes que trabalham com dados de células individuais e usam a matriz de contagens para fazer o controle de qualidade, anotar células e gerar visualizações.
- Pesquisadores que precisam justificar os limiares de filtragem e manter um registro auditável das células removidas ou sinalizadas.
- Equipes que querem um ambiente portátil para revisar as figuras geradas, consultar um índice de visualizações e compartilhar os resultados em um notebook ou aplicativo.
Skills & Plugins
- Execute o controle de qualidade dos dados de células individuais após a contagem e retorne os resultados da filtragem, as visualizações, as anotações e o notebook.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | Execute o controle de qualidade dos dados de células individuais após a contagem e retorne os resultados da filtragem, as visualizações, as anotações e o notebook. |
Starter prompt
Use as habilidades do plugin
O plugin NGS Analysis inclui as seguintes habilidades:
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
Quando você usa o plugin, o ChatGPT pode usar todas essas habilidades.
Passo a passo
- Indique ao ChatGPT onde encontrar a matriz, os códigos de barras, os genes ou outras características, o manifesto e os metadados correspondentes ao conjunto de dados, ou forneça referências exatas aos arquivos.
- Envie o prompt inicial para que o ChatGPT escolha os limiares de controle de qualidade (QC) com base nas distribuições observadas e registre a justificativa nos artefatos da execução.
- Abra o índice de visualizações e o notebook ou aplicativo de revisão para examinar as contagens de células aprovadas ou reprovadas no QC, os gráficos UMAP e o grau de confiança das anotações.
- Continue no mesmo chat para ajustar os limiares, fornecer um atlas de referência compatível ou repetir a análise depois de resolver o que impedia a detecção de dupletos.
Resultados
Além da matriz filtrada, a execução gera gráficos e tabelas para revisar as decisões de filtragem. Comece pelos gráficos que justificam a escolha dos limiares e pelo resumo do QC. Confira quantas células cada filtro removeu ou sinalizou e se os valores de corte escolhidos condizem com as distribuições observadas.
Em seguida, examine os gráficos UMAP gerados por categoria ampla de anotação e por agrupamento de Leiden. Essas visualizações ajudam a identificar lacunas nas anotações, agrupamentos suspeitos ou limiares que precisam ser reavaliados.
Por fim, revise as métricas e os resultados da filtragem de cada célula. O ChatGPT mantém essa tabela junto com o arquivo .h5ad filtrado e os artefatos de visualização. Assim, você pode ajustar os limiares no mesmo chat sem perder a justificativa das escolhas iniciais.
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