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Codex use case

Valide as entradas de bulk RNA-seq

Valide as entradas de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.

Difficulty Intermediário
Time horizon Longa duração

Use o ChatGPT com o plug-in NGS Analysis para validar planilhas de amostras, FASTQs e referências e depois fornecer um relatório do MultiQC, matrizes do Salmon, dados de proveniência e uma breve interpretação do controle de qualidade antes da análise de expressão diferencial.

Ideal para

  • Equipes de bioinformática que validam entradas de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.
  • Pesquisadores que querem quantificação em nível de transcrito e de gene, além de controle de qualidade, em um único chat.
  • Equipes que precisam avaliar a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância do tipo de biblioteca e a prontidão dos recursos.

Contents

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    Valide as entradas de bulk RNA-seq

    Valide as entradas de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.

    Use o ChatGPT com o plug-in NGS Analysis para validar planilhas de amostras, FASTQs e referências e depois fornecer um relatório do MultiQC, matrizes do Salmon, dados de proveniência e uma breve interpretação do controle de qualidade antes da análise de expressão diferencial.

    Intermediário
    Longa duração

    Use o ChatGPT com o plug-in NGS Analysis para validar planilhas de amostras, FASTQs e referências e depois fornecer um relatório do MultiQC, matrizes do Salmon, dados de proveniência e uma breve interpretação do controle de qualidade antes da análise de expressão diferencial.

    Intermediário
    Longa duração

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    Ideal para

    • Equipes de bioinformática que validam entradas de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.
    • Pesquisadores que querem quantificação em nível de transcrito e de gene, além de controle de qualidade, em um único chat.
    • Equipes que precisam avaliar a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância do tipo de biblioteca e a prontidão dos recursos.

    Habilidades e Plug-ins

    • NGS Analysis
      Valide as entradas de sequenciamento, gere contagens de bulk RNA-seq, faça o controle de qualidade e retorne artefatos auditáveis.
    Skill Why use it
    NGS Analysis Valide as entradas de sequenciamento, gere contagens de bulk RNA-seq, faça o controle de qualidade e retorne artefatos auditáveis.

    Prompt inicial

    Use o plug-in NGS Analysis. Execute o controle de qualidade de bulk RNA-seq, dos FASTQs às contagens, usando a planilha de amostras, o diretório raiz dos FASTQs, o FASTA do transcriptoma, o FASTA do genoma e o GTF fornecidos. Retorne: - run_manifest.json - MultiQC e links seguros para revisão no navegador - matrizes do Salmon em nível de transcrito e de gene - artefatos de validação e de prontidão dos recursos - uma breve interpretação do controle de qualidade que destaque a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância do tipo de biblioteca, as amostras atípicas e qualquer problema que impeça a análise posterior de expressão diferencial
    Use o plug-in NGS Analysis. Execute o controle de qualidade de bulk RNA-seq, dos FASTQs às contagens, usando a planilha de amostras, o diretório raiz dos FASTQs, o FASTA do transcriptoma, o FASTA do genoma e o GTF fornecidos. Retorne: - run_manifest.json - MultiQC e links seguros para revisão no navegador - matrizes do Salmon em nível de transcrito e de gene - artefatos de validação e de prontidão dos recursos - uma breve interpretação do controle de qualidade que destaque a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância do tipo de biblioteca, as amostras atípicas e qualquer problema que impeça a análise posterior de expressão diferencial

    Aproveite as Habilidades

    O plug-in NGS Analysis inclui:

    • ngs-analysis-router
    • ngs-bulk-rnaseq-counts-qc
    • ngs-runtime-env

    Com o plug-in, o ChatGPT pode usar todas essas Habilidades incluídas no pacote.

    Guia passo a passo

    1. Indique ao ChatGPT um diretório que contenha a planilha de amostras, os FASTQs, o FASTA do transcriptoma, o FASTA do genoma e o GTF, ou forneça referências exatas para esses arquivos.
    2. Execute o prompt inicial para que, antes da execução, o ChatGPT valide a direcionalidade e a consistência das referências e confirme se as ferramentas estão prontas.
    3. Abra no ChatGPT o relatório do MultiQC e os artefatos de matriz gerados para avaliar a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância do tipo de biblioteca e a prontidão dos recursos.
    4. Continue no mesmo chat para resolver impedimentos, executar novamente com metadados atualizados ou usar as matrizes resultantes em nível de gene na análise posterior de expressão diferencial.

    Resultados

    A execução retorna um pacote de contagens revisado quanto ao controle de qualidade, em vez de um resultado de quantificação sem informações adicionais. Comece pelo relatório do MultiQC para identificar alertas que possam afetar a interpretação posterior. Neste exemplo, o ChatGPT destaca os alertas do FastQC sobre o conteúdo das sequências junto com o resumo da execução, para que a equipe possa decidir se o padrão observado é esperado para o preparo da biblioteca.

    Revise os alertas do FastQC sobre o conteúdo das sequências junto com o resumo da execução de bulk RNA-seq.

    Em seguida, revise as estatísticas do Salmon no mesmo relatório. As taxas de mapeamento, as atribuições de tipo de biblioteca e os sinais de duplicação permitem verificar rapidamente se os dados estão prontos antes de prosseguir para a análise de expressão diferencial.

    Examine, no relatório gerado pelo MultiQC, as estatísticas de alinhamento e de tipo de biblioteca do Salmon.

    A matriz resultante de contagens em nível de gene é salva como um artefato reutilizável. Abra-a no ChatGPT para confirmar a presença das amostras e dos genes esperados; depois, guarde-a junto com a proveniência da execução para análises posteriores.

    Abra a matriz gerada de contagens em nível de gene para revisão posterior.

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