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Codex use case

Valide os dados de entrada de bulk RNA-seq

Valide os dados de entrada de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.

Difficulty Intermediate
Time horizon Long-running

Use o ChatGPT com o plugin NGS Analysis para validar planilhas de amostras, arquivos FASTQ e referências. Antes da análise de expressão diferencial, obtenha o relatório do MultiQC, as matrizes do Salmon, os registros de proveniência e uma breve interpretação dos resultados do controle de qualidade.

Best for

  • Equipes de bioinformática que validam dados de entrada de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.
  • Pesquisadores que querem quantificar a expressão por transcrito e por gene e fazer o controle de qualidade em um único chat.
  • Equipes que precisam avaliar a taxa de mapeamento, a duplicação e o tipo de biblioteca, além de verificar se os recursos estão prontos para uso.

Contents

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    Valide os dados de entrada de bulk RNA-seq

    Valide os dados de entrada de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.

    Use o ChatGPT com o plugin NGS Analysis para validar planilhas de amostras, arquivos FASTQ e referências. Antes da análise de expressão diferencial, obtenha o relatório do MultiQC, as matrizes do Salmon, os registros de proveniência e uma breve interpretação dos resultados do controle de qualidade.

    Intermediate
    Long-running

    Use o ChatGPT com o plugin NGS Analysis para validar planilhas de amostras, arquivos FASTQ e referências. Antes da análise de expressão diferencial, obtenha o relatório do MultiQC, as matrizes do Salmon, os registros de proveniência e uma breve interpretação dos resultados do controle de qualidade.

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    Long-running

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    Best for

    • Equipes de bioinformática que validam dados de entrada de bulk RNA-seq antes da análise de expressão diferencial.
    • Pesquisadores que querem quantificar a expressão por transcrito e por gene e fazer o controle de qualidade em um único chat.
    • Equipes que precisam avaliar a taxa de mapeamento, a duplicação e o tipo de biblioteca, além de verificar se os recursos estão prontos para uso.

    Skills & Plugins

    • NGS Analysis
      Valide os dados de entrada do sequenciamento, gere contagens de bulk RNA-seq, faça o controle de qualidade e entregue artefatos auditáveis.
    Skill Why use it
    NGS Analysis Valide os dados de entrada do sequenciamento, gere contagens de bulk RNA-seq, faça o controle de qualidade e entregue artefatos auditáveis.

    Starter prompt

    Use o plugin NGS Analysis. Faça o controle de qualidade dos dados de bulk RNA-seq desde os arquivos FASTQ até a geração das contagens. Use a planilha de amostras, o diretório raiz dos arquivos FASTQ, os arquivos FASTA do transcriptoma e do genoma e o arquivo GTF fornecidos. Entregue: - run_manifest.json - o relatório do MultiQC e links seguros para consultá-lo no navegador - as matrizes de quantificação do Salmon por transcrito e por gene - os artefatos que documentem a validação e indiquem se os recursos estão prontos para uso - uma breve interpretação dos resultados do controle de qualidade que destaque a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância entre o tipo de biblioteca observado e o esperado, as amostras atípicas e qualquer problema que impeça a análise posterior de expressão diferencial
    Use o plugin NGS Analysis. Faça o controle de qualidade dos dados de bulk RNA-seq desde os arquivos FASTQ até a geração das contagens. Use a planilha de amostras, o diretório raiz dos arquivos FASTQ, os arquivos FASTA do transcriptoma e do genoma e o arquivo GTF fornecidos. Entregue: - run_manifest.json - o relatório do MultiQC e links seguros para consultá-lo no navegador - as matrizes de quantificação do Salmon por transcrito e por gene - os artefatos que documentem a validação e indiquem se os recursos estão prontos para uso - uma breve interpretação dos resultados do controle de qualidade que destaque a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância entre o tipo de biblioteca observado e o esperado, as amostras atípicas e qualquer problema que impeça a análise posterior de expressão diferencial

    Use as habilidades do plugin

    O plugin NGS Analysis inclui as seguintes habilidades:

    • ngs-analysis-router
    • ngs-bulk-rnaseq-counts-qc
    • ngs-runtime-env

    Quando você usa o plugin, o ChatGPT pode usar todas essas habilidades.

    Passo a passo

    1. Indique ao ChatGPT o diretório que contém a planilha de amostras, os arquivos FASTQ, os arquivos FASTA do transcriptoma e do genoma e o arquivo GTF, ou forneça referências exatas para cada arquivo.
    2. Envie o prompt inicial para que, antes da execução, o ChatGPT possa verificar a orientação das fitas, a consistência entre as referências e se as ferramentas estão prontas para uso.
    3. Abra no ChatGPT o relatório do MultiQC e as matrizes geradas. Confira a taxa de mapeamento, a duplicação, a concordância entre o tipo de biblioteca identificado e o esperado e se os recursos necessários estão disponíveis.
    4. Continue no mesmo chat para resolver problemas que impeçam a execução, repetir a análise com metadados atualizados ou usar as matrizes de contagens por gene na análise de expressão diferencial.

    Resultados

    A execução entrega um conjunto de contagens que já passou por controle de qualidade. Comece pelo relatório do MultiQC para identificar alertas que possam afetar a interpretação dos resultados. Neste exemplo, o ChatGPT mostra os alertas do FastQC sobre a composição das sequências junto ao resumo da execução. Assim, a equipe pode avaliar se o padrão observado é esperado para o método de preparo da biblioteca.

    Confira os alertas do FastQC sobre a composição das sequências junto ao resumo da execução de bulk RNA-seq.

    Em seguida, confira as estatísticas do Salmon no mesmo relatório. As taxas de mapeamento, os tipos de biblioteca identificados e os indícios de duplicação permitem avaliar rapidamente se os dados estão prontos para a análise de expressão diferencial.

    Confira as estatísticas de alinhamento e de tipo de biblioteca do Salmon no relatório gerado pelo MultiQC.

    A matriz de contagens por gene é salva como um artefato reutilizável. Abra a matriz no ChatGPT para confirmar que ela contém as amostras e os genes esperados. Depois, guarde-a junto com o registro de proveniência da execução para usá-la nas análises seguintes.

    Abra a matriz de contagens por gene gerada para revisá-la nas etapas seguintes.

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