Codex use case
Anotar dados de scRNA-seq
Revise, em um único chat, o QC, as anotações e os UMAPs de uma análise de célula única.
Use o ChatGPT com o plug-in NGS Analysis para transformar um conjunto de arquivos de matriz no formato 10x em artefatos de dados de célula única filtrados por critérios de QC, resumos que justificam os limiares de filtragem, anotações e UMAPs que você pode examinar e revisar no mesmo chat.
Ideal para
- Equipes que trabalham com dados de célula única e fazem QC no nível da matriz, anotação e visualização após a geração das contagens.
- Pesquisadores que precisam de filtragem com justificativa dos limiares e de um registro auditável das células removidas ou sinalizadas.
- Equipes que querem uma interface portátil de revisão com figuras geradas, um índice de visualizações e uma saída em formato de notebook ou aplicativo.
Contents
Anotar dados de scRNA-seq
Revise, em um único chat, o QC, as anotações e os UMAPs de uma análise de célula única.
Use o ChatGPT com o plug-in NGS Analysis para transformar um conjunto de arquivos de matriz no formato 10x em artefatos de dados de célula única filtrados por critérios de QC, resumos que justificam os limiares de filtragem, anotações e UMAPs que você pode examinar e revisar no mesmo chat.
Use o ChatGPT com o plug-in NGS Analysis para transformar um conjunto de arquivos de matriz no formato 10x em artefatos de dados de célula única filtrados por critérios de QC, resumos que justificam os limiares de filtragem, anotações e UMAPs que você pode examinar e revisar no mesmo chat.
Links relacionados
Ideal para
- Equipes que trabalham com dados de célula única e fazem QC no nível da matriz, anotação e visualização após a geração das contagens.
- Pesquisadores que precisam de filtragem com justificativa dos limiares e de um registro auditável das células removidas ou sinalizadas.
- Equipes que querem uma interface portátil de revisão com figuras geradas, um índice de visualizações e uma saída em formato de notebook ou aplicativo.
Habilidades e Plug-ins
- Execute o QC pós-contagem de dados de célula única e retorne artefatos com os resultados da filtragem, visualizações e anotações, além de um notebook.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | Execute o QC pós-contagem de dados de célula única e retorne artefatos com os resultados da filtragem, visualizações e anotações, além de um notebook. |
Prompt inicial
Aproveite as habilidades
O plug-in NGS Analysis inclui:
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
Ao usar o plug-in, o ChatGPT pode usar todas essas habilidades reunidas no pacote.
Guia passo a passo
- Indique ao ChatGPT a matriz, os códigos de barras, os genes ou características, o manifesto e os metadados do conjunto de dados que devem ser usados, ou forneça referências exatas aos arquivos.
- Execute o prompt inicial para que o ChatGPT escolha os limiares de QC com base nas distribuições observadas e registre a justificativa nos artefatos da execução.
- Abra o índice de visualizações e o notebook ou aplicativo de revisão para examinar as contagens de aprovação ou reprovação no QC, os UMAPs e o nível de confiança das anotações.
- Continue no mesmo chat para refinar os limiares, fornecer um atlas de referência compatível ou executar novamente após desbloquear a detecção de dupletos.
Resultados
A execução gera uma interface para revisar as decisões de filtragem, não apenas uma matriz filtrada. Comece pelos gráficos de justificativa dos limiares e pelo resumo de QC para ver quantas células cada filtro removeu ou sinalizou e se os valores de corte selecionados correspondem às distribuições observadas.
Depois, examine os UMAPs gerados por rótulo geral e por cluster de Leiden. Essas visualizações facilitam a identificação de lacunas nas anotações, clusters suspeitos ou escolhas de limiares que precisam de outra rodada de revisão.
Por fim, revise as métricas por célula e os resultados da filtragem. O ChatGPT preserva
esta tabela junto com o arquivo .h5ad filtrado e os artefatos de visualização, para que você possa
revisar os limiares no mesmo chat sem perder a justificativa da
primeira rodada.
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