Codex use case
Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk
Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para validar las hojas de muestras, los archivos FASTQ y las referencias. Antes del análisis de expresión diferencial, obtén el informe de MultiQC, las matrices de Salmon, los datos de procedencia y una breve interpretación de los resultados del control de calidad.
Best for
- Equipos de bioinformática que validan datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.
- Investigadores que quieren cuantificar la expresión por transcrito y por gen y realizar el control de calidad en un solo chat.
- Equipos que necesitan revisar la tasa de mapeo, la duplicación y el tipo de biblioteca, y comprobar si los recursos están listos.
Contents
Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk
Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para validar las hojas de muestras, los archivos FASTQ y las referencias. Antes del análisis de expresión diferencial, obtén el informe de MultiQC, las matrices de Salmon, los datos de procedencia y una breve interpretación de los resultados del control de calidad.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para validar las hojas de muestras, los archivos FASTQ y las referencias. Antes del análisis de expresión diferencial, obtén el informe de MultiQC, las matrices de Salmon, los datos de procedencia y una breve interpretación de los resultados del control de calidad.
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Best for
- Equipos de bioinformática que validan datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.
- Investigadores que quieren cuantificar la expresión por transcrito y por gen y realizar el control de calidad en un solo chat.
- Equipos que necesitan revisar la tasa de mapeo, la duplicación y el tipo de biblioteca, y comprobar si los recursos están listos.
Skills & Plugins
- Valida los datos de entrada de secuenciación, realiza los conteos y el control de calidad de RNA-seq bulk y entrega resultados auditables.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | Valida los datos de entrada de secuenciación, realiza los conteos y el control de calidad de RNA-seq bulk y entrega resultados auditables. |
Starter prompt
Aprovecha las habilidades
El complemento NGS Analysis incluye las siguientes habilidades:
ngs-analysis-routerngs-bulk-rnaseq-counts-qcngs-runtime-env
Cuando usas el complemento, ChatGPT puede usar todas estas habilidades.
Guía paso a paso
- Indícale a ChatGPT el directorio que contiene la hoja de muestras, los archivos FASTQ, los archivos FASTA del transcriptoma y del genoma y el archivo GTF, o proporciona la ubicación exacta de cada archivo.
- Ejecuta el prompt inicial para que ChatGPT pueda validar la especificidad de hebra de la biblioteca, comprobar que las referencias sean coherentes entre sí y verificar que las herramientas estén listas antes de ejecutar el análisis.
- Abre en ChatGPT el informe de MultiQC y las matrices que se generaron para revisar la tasa de mapeo, la duplicación, la concordancia del tipo de biblioteca y la disponibilidad de los recursos.
- Continúa en el mismo chat para resolver los problemas que impidan avanzar, volver a ejecutar el análisis con metadatos actualizados o usar las matrices de recuentos por gen en el análisis posterior de expresión diferencial.
Resultados
La ejecución devuelve los resultados de la cuantificación como un conjunto de recuentos que ya pasó por un control de calidad. Empieza por el informe de MultiQC para identificar las advertencias que podrían afectar la interpretación posterior de los resultados. En este ejemplo, ChatGPT muestra las advertencias de FastQC sobre la composición de las secuencias junto con el resumen de la ejecución para que el equipo pueda determinar si el patrón observado es el esperado para el método de preparación de la biblioteca.
Luego, revisa las estadísticas de Salmon en el mismo informe. Las tasas de mapeo, los tipos de biblioteca asignados y los indicios de duplicación permiten comprobar rápidamente si los datos están listos para el análisis de expresión diferencial.
La matriz de recuentos por gen se guarda como un archivo reutilizable. Ábrela en ChatGPT para confirmar que contiene las muestras y los genes esperados. Luego, consérvala junto con la información de procedencia de la ejecución para análisis posteriores.
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