Codex use case
Anota datos de scRNA-seq
Revisa en un solo chat el control de calidad de datos de célula única, las anotaciones y los UMAP.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para convertir un paquete de matrices con formato 10x en artefactos de datos de célula única filtrados mediante control de calidad, resúmenes del filtrado con la justificación de los umbrales, anotaciones y UMAP que puedes inspeccionar y revisar en el mismo chat.
Ideal para
- Equipos que trabajan con datos de célula única y realizan control de calidad a nivel de matriz, anotación y visualización después de generar los conteos.
- Investigadores que necesitan un filtrado basado en umbrales justificados y un registro auditable de las células eliminadas o marcadas.
- Equipos que desean una interfaz portátil de revisión con figuras generadas, un índice de visualizaciones y una entrega en formato de notebook o aplicación.
Contents
Anota datos de scRNA-seq
Revisa en un solo chat el control de calidad de datos de célula única, las anotaciones y los UMAP.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para convertir un paquete de matrices con formato 10x en artefactos de datos de célula única filtrados mediante control de calidad, resúmenes del filtrado con la justificación de los umbrales, anotaciones y UMAP que puedes inspeccionar y revisar en el mismo chat.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para convertir un paquete de matrices con formato 10x en artefactos de datos de célula única filtrados mediante control de calidad, resúmenes del filtrado con la justificación de los umbrales, anotaciones y UMAP que puedes inspeccionar y revisar en el mismo chat.
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Ideal para
- Equipos que trabajan con datos de célula única y realizan control de calidad a nivel de matriz, anotación y visualización después de generar los conteos.
- Investigadores que necesitan un filtrado basado en umbrales justificados y un registro auditable de las células eliminadas o marcadas.
- Equipos que desean una interfaz portátil de revisión con figuras generadas, un índice de visualizaciones y una entrega en formato de notebook o aplicación.
Habilidades y complementos
- Ejecuta el control de calidad posterior al conteo de datos de célula única y devuelve artefactos de filtrado, visualización y anotación, además de un notebook.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | Ejecuta el control de calidad posterior al conteo de datos de célula única y devuelve artefactos de filtrado, visualización y anotación, además de un notebook. |
Prompt inicial
Aprovecha las habilidades
El complemento NGS Analysis incluye:
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
Cuando usas el complemento, ChatGPT puede utilizar todas las habilidades incluidas.
Guía paso a paso
- Indícale a ChatGPT la matriz, los códigos de barras, los genes o las características, el archivo de manifiesto y los metadatos del conjunto de datos que debe usar, o proporciona referencias exactas a los archivos.
- Ejecuta el prompt inicial para que ChatGPT pueda elegir los umbrales de control de calidad a partir de las distribuciones observadas y registrar la justificación en los artefactos de la ejecución.
- Abre el índice de visualizaciones y el notebook o la aplicación de revisión para inspeccionar los conteos de células que superaron o no superaron el control de calidad, los UMAP y la confianza de las anotaciones.
- Continúa en el mismo chat para ajustar los umbrales, proporcionar un atlas de referencia compatible o volver a ejecutar el análisis después de desbloquear la detección de dobletes.
Resultados
La ejecución genera una interfaz para revisar las decisiones de filtrado, no solo una matriz filtrada. Comienza con las gráficas que justifican los umbrales y el resumen de control de calidad para ver cuántas células eliminó o marcó cada filtro y si los valores de corte seleccionados coinciden con las distribuciones observadas.
Después, inspecciona los UMAP generados según la etiqueta general y el clúster de Leiden. Estas vistas facilitan la identificación de anotaciones faltantes, clústeres sospechosos o umbrales elegidos que requieren otra revisión.
Por último, revisa las métricas por célula y los resultados del filtrado. ChatGPT conserva
esta tabla junto con el archivo .h5ad filtrado y los artefactos de visualización para que puedas
ajustar los umbrales en el mismo chat sin perder la justificación del
análisis inicial.
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