Codex use case
Anota datos de scRNA-seq
Revisa los resultados del control de calidad de los datos de célula única, las anotaciones y los gráficos UMAP en un solo chat.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para procesar un paquete de matrices en formato 10x. Obtendrás datos de célula única filtrados según criterios de calidad, resúmenes del filtrado que justifican los umbrales elegidos, anotaciones y gráficos UMAP. Puedes revisar y modificar estos resultados en el mismo chat.
Best for
- Equipos que trabajan con datos de célula única y, una vez generadas las matrices de conteos, las usan para el control de calidad, la anotación y la visualización.
- Investigadores que necesitan filtrar los datos con umbrales justificados y contar con un registro auditable de las células eliminadas o marcadas.
- Equipos que buscan un entorno de revisión portátil con las figuras generadas, un índice de visualizaciones y un cuaderno de análisis o una aplicación que puedan entregar.
Contents
Anota datos de scRNA-seq
Revisa los resultados del control de calidad de los datos de célula única, las anotaciones y los gráficos UMAP en un solo chat.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para procesar un paquete de matrices en formato 10x. Obtendrás datos de célula única filtrados según criterios de calidad, resúmenes del filtrado que justifican los umbrales elegidos, anotaciones y gráficos UMAP. Puedes revisar y modificar estos resultados en el mismo chat.
Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para procesar un paquete de matrices en formato 10x. Obtendrás datos de célula única filtrados según criterios de calidad, resúmenes del filtrado que justifican los umbrales elegidos, anotaciones y gráficos UMAP. Puedes revisar y modificar estos resultados en el mismo chat.
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Best for
- Equipos que trabajan con datos de célula única y, una vez generadas las matrices de conteos, las usan para el control de calidad, la anotación y la visualización.
- Investigadores que necesitan filtrar los datos con umbrales justificados y contar con un registro auditable de las células eliminadas o marcadas.
- Equipos que buscan un entorno de revisión portátil con las figuras generadas, un índice de visualizaciones y un cuaderno de análisis o una aplicación que puedan entregar.
Skills & Plugins
- Ejecuta el control de calidad de los datos de célula única después del conteo y devuelve los resultados del filtrado, las visualizaciones, las anotaciones y los cuadernos de análisis.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | Ejecuta el control de calidad de los datos de célula única después del conteo y devuelve los resultados del filtrado, las visualizaciones, las anotaciones y los cuadernos de análisis. |
Starter prompt
Aprovecha las habilidades
El complemento NGS Analysis incluye las siguientes habilidades:
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
Cuando usas el complemento, ChatGPT puede utilizar todas estas habilidades.
Guía paso a paso
- Indícale a ChatGPT dónde encontrar la matriz, los códigos de barras, los genes o las características, el archivo de manifiesto y los metadatos que corresponden al conjunto de datos, o proporciona las referencias exactas a los archivos.
- Ejecuta el prompt inicial para que ChatGPT pueda elegir los umbrales de control de calidad a partir de las distribuciones observadas y documentar en los archivos del análisis por qué eligió esos umbrales.
- Abre el índice de visualizaciones y el cuaderno o la aplicación de revisión. Consulta cuántas células pasaron el control de calidad y cuántas fallaron, examina los gráficos UMAP y revisa el nivel de confianza de las anotaciones.
- Continúa en el mismo chat para ajustar los umbrales, proporcionar un atlas de referencia acorde con los datos o volver a ejecutar el análisis después de desbloquear la detección de dobletes.
Resultados
Además de generar una matriz filtrada, el análisis ofrece una interfaz para revisar las decisiones de filtrado. Empieza por los gráficos que justifican la elección de los umbrales y el resumen del control de calidad. Así podrás ver cuántas células eliminó o marcó cada filtro y si los puntos de corte elegidos se ajustan a las distribuciones observadas.
Luego, examina los gráficos UMAP por etiqueta general y por clúster de Leiden. Estas vistas te ayudan a detectar vacíos en las anotaciones, clústeres sospechosos o umbrales que conviene volver a evaluar.
Por último, revisa las métricas y el resultado del filtrado de cada célula. ChatGPT guarda esta tabla junto con el archivo .h5ad filtrado y los archivos de visualización para que puedas ajustar los umbrales en el mismo chat sin perder la justificación de los umbrales iniciales.
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