For the complete documentation index, see llms.txt. Markdown versions of documentation pages are available by appending .md to the page URL.
기본 탐색 메뉴
Theme

추천
API 대시보드
ChatGPT 사용해 보기
Codex

Codex use case

scRNA-seq 데이터에 세포 주석 달기

하나의 채팅에서 단일 세포 QC 결과와 세포 주석, UMAP을 함께 검토하세요.

Difficulty Intermediate
Time horizon 1h

ChatGPT에서 NGS Analysis 플러그인을 사용해 10x 형식의 행렬 번들에 QC 필터를 적용하세요. 필터링된 단일 세포 데이터, 임곗값 선정 근거를 담은 필터링 요약, 세포 주석, UMAP을 같은 채팅에서 확인하고 수정할 수 있습니다.

Best for

  • 카운트 생성 후 행렬 수준에서 QC, 세포 주석, 시각화 작업을 수행하는 단일 세포 분석팀
  • 필터링 임곗값의 선정 근거를 제시하고 어떤 세포가 제거되거나 표시되었는지 기록으로 확인해야 하는 연구자
  • 생성된 그림과 시각화 색인을 노트북이나 앱과 함께 전달해 다른 환경에서도 결과를 검토할 수 있게 하려는 팀

Contents

    ← All use cases

    scRNA-seq 데이터에 세포 주석 달기

    하나의 채팅에서 단일 세포 QC 결과와 세포 주석, UMAP을 함께 검토하세요.

    ChatGPT에서 NGS Analysis 플러그인을 사용해 10x 형식의 행렬 번들에 QC 필터를 적용하세요. 필터링된 단일 세포 데이터, 임곗값 선정 근거를 담은 필터링 요약, 세포 주석, UMAP을 같은 채팅에서 확인하고 수정할 수 있습니다.

    Intermediate
    1h

    ChatGPT에서 NGS Analysis 플러그인을 사용해 10x 형식의 행렬 번들에 QC 필터를 적용하세요. 필터링된 단일 세포 데이터, 임곗값 선정 근거를 담은 필터링 요약, 세포 주석, UMAP을 같은 채팅에서 확인하고 수정할 수 있습니다.

    Intermediate
    1h

    Related links

    GPT-Rosalind 액세스 요청

    Best for

    • 카운트 생성 후 행렬 수준에서 QC, 세포 주석, 시각화 작업을 수행하는 단일 세포 분석팀
    • 필터링 임곗값의 선정 근거를 제시하고 어떤 세포가 제거되거나 표시되었는지 기록으로 확인해야 하는 연구자
    • 생성된 그림과 시각화 색인을 노트북이나 앱과 함께 전달해 다른 환경에서도 결과를 검토할 수 있게 하려는 팀

    Skills & Plugins

    • NGS Analysis
      카운트 생성 후 단일 세포 QC를 수행하고 필터링 결과, 시각화 자료, 세포 주석, 노트북을 반환합니다.
    Skill Why use it
    NGS Analysis 카운트 생성 후 단일 세포 QC를 수행하고 필터링 결과, 시각화 자료, 세포 주석, 노트북을 반환합니다.

    Starter prompt

    NGS Analysis 플러그인을 사용해 주세요. 지정된 10x 형식의 행렬 번들을 매니페스트 및 데이터셋 메타데이터와 함께 scrna-seq-qc에 전달해 행렬 수준에서 분석해 주세요. 관측된 분포를 바탕으로 QC 임곗값을 정하고 원시 카운트를 보존해 주세요. 전체 데이터에 대한 UMAP과 그룹별 UMAP을 생성해 주세요. 다음 결과를 반환해 주세요. - summary.md - 필터별로 제거되거나 표시된 세포를 정리한 QC 요약표 - 임곗값 선정 근거를 보여 주는 그래프 - 필터링된 .h5ad 파일
    NGS Analysis 플러그인을 사용해 주세요. 지정된 10x 형식의 행렬 번들을 매니페스트 및 데이터셋 메타데이터와 함께 scrna-seq-qc에 전달해 행렬 수준에서 분석해 주세요. 관측된 분포를 바탕으로 QC 임곗값을 정하고 원시 카운트를 보존해 주세요. 전체 데이터에 대한 UMAP과 그룹별 UMAP을 생성해 주세요. 다음 결과를 반환해 주세요. - summary.md - 필터별로 제거되거나 표시된 세포를 정리한 QC 요약표 - 임곗값 선정 근거를 보여 주는 그래프 - 필터링된 .h5ad 파일

    스킬 활용하기

    NGS Analysis 플러그인에는 다음 스킬이 포함되어 있습니다.

    • ngs-analysis-router
    • scrna-seq-qc
    • ngs-scrna-seq

    이 플러그인을 사용하면 ChatGPT가 세 스킬을 모두 활용할 수 있습니다.

    단계별 가이드

    1. ChatGPT에 분석에 사용할 행렬, 바코드, 유전자 또는 피처, 매니페스트, 데이터셋 메타데이터의 위치를 알려 주거나 해당 파일을 정확히 지정하세요.
    2. 시작 프롬프트를 실행하세요. ChatGPT가 관측된 분포를 바탕으로 품질 관리(QC) 임계값을 정하고 그 근거를 실행 결과물에 기록합니다.
    3. 시각화 목록과 검토용 노트북 또는 앱을 열어 QC를 통과한 세포 수와 통과하지 못한 세포 수, UMAP, 세포 유형 주석의 신뢰도를 확인하세요.
    4. 같은 채팅에서 임계값을 조정하거나 데이터셋에 맞는 참조 아틀라스를 제공하세요. 더블릿 검출을 막던 문제를 해결한 뒤 분석을 다시 실행할 수도 있습니다.

    결과

    분석을 실행하면 필터링된 행렬과 함께 필터링 기준과 결과를 검토할 수 있는 자료가 생성됩니다. 먼저 임계값을 정한 근거를 보여 주는 그래프와 QC 요약을 확인하세요. 각 필터가 몇 개의 세포를 제외하거나 표시했는지, 선택한 임계값이 관측된 분포에 적합한지 확인할 수 있습니다.

    단일 세포 분석에서 임계값을 정한 근거를 보여 주는 그래프와 QC 통과 여부별 세포 수

    다음으로 세포 유형의 대분류 레이블별 UMAP과 Leiden 클러스터별 UMAP을 살펴보세요. 이 그래프를 보면 세포 유형 주석이 누락된 부분이나 의심스러운 클러스터를 찾고, 어떤 임계값을 다시 검토해야 할지 판단하기 쉽습니다.

    세포 유형의 대분류 레이블별 UMAP 그래프와 Leiden 클러스터별 UMAP 그래프

    마지막으로 세포별 지표와 필터링 결과를 검토하세요. ChatGPT는 이 표를 필터링된 .h5ad 파일 및 시각화 결과물과 함께 저장합니다. 따라서 같은 채팅에서 처음 임계값을 정한 근거를 다시 확인하며 임계값을 조정할 수 있습니다.

    세포별 QC 지표와 필터링 결과를 검토할 수 있는 표

    Related use cases

    bulk RNA-seq 입력 데이터 검증

    ChatGPT에서 NGS Analysis 플러그인으로 샘플 시트, FASTQ 파일, 참조 데이터를 검증하세요

    Sciences Data

    단백질 접힘 예측 모델 탐색

    Codex의 목표 모드를 사용해 단백질 접힘 예측 성능을 높일 수 있도록 AlphaFold2 아키텍처의 새로운 변경안을 연구하고 구현하세요.

    Sciences Engineering

    약물 표적 우선순위 정하기

    ChatGPT에서 Life Science Research 플러그인을 사용해 표적 등 분석 대상의 명칭과 식별자를 표준화하세요

    Sciences Data