Dados fragmentados, ferramentas desconectadas e registros experimentais pouco claros podem atrapalhar o trabalho científico: os dados podem estar em um lugar, a análise em outro e o registro de como um resultado foi produzido em um terceiro. Seguir as evidências significa manter essas partes conectadas enquanto você decide o que investigar a seguir.
Foi por isso que criamos o Rosalind Workbench: para reunir esse trabalho em um único ambiente.
Ele oferece aos usuários das ciências da vida um ambiente centralizado para usar suas ferramentas científicas favoritas, explorar novos modelos especializados em biologia e definir os fluxos de análise de dados que mais utilizam. Essa bancada virtual oferece uma experiência guiada que ajuda cientistas a aproveitar ao máximo modelos de fronteira e ferramentas científicas de ponta para acelerar suas pesquisas.
O Rosalind Workbench está disponível em prévia de pesquisa pelo aplicativo ChatGPT, onde pesquisadores podem experimentar tarefas científicas guiadas e adaptá-las aos próprios dados, métodos e objetivos de pesquisa.
O Rosalind Workbench se baseia no GPT-Rosalind, nosso modelo dedicado às ciências da vida, que combina raciocínio de fronteira com orquestração de ferramentas especializadas em química medicinal, genômica, assistência a experimentos de bancada e outras aplicações científicas. Com o tempo, vislumbramos equipes de agentes trabalhando em conjunto nessas áreas, dando aos pesquisadores acesso a conhecimentos mais amplos e a capacidade de investigar questões científicas mais ambiciosas.
Explorando fluxos de trabalho científicos
Diferentes disciplinas usam dados e métodos distintos, mas a necessidade fundamental costuma ser a mesma: conectar uma questão biológica às evidências adequadas e deixar claro o caminho para a próxima decisão.
Uma pesquisa raramente se encaixa por completo em uma única ferramenta. Considere uma questão sobre o mecanismo de uma doença: ela pode começar com um sinal genômico, levar a uma estrutura molecular, exigir evidências da literatura e terminar em um novo delineamento experimental. Cada etapa usa dados e métodos diferentes, mas ainda precisa responder à mesma questão biológica.
O Rosalind Workbench ajuda a conectar essas partes: você pode começar com um exemplo guiado para entender as possibilidades e depois adaptar a abordagem aos seus dados, métodos e objetivo de pesquisa. Cada exemplo demonstra como uma questão biológica pode ser investigada com ferramentas especializadas, mantendo conectados o plano, os resultados intermediários e as evidências que os sustentam.
Explore a estrutura molecular de proteínas
Neste exemplo, um cientista investiga a estrutura do GLP1R ligado à semaglutida. Ele orienta o modelo a interagir com o visualizador, explicar características estruturais no arquivo PDB e criar um vídeo que mostre as principais características do complexo proteico.
Examinando as evidências
Os visualizadores especializados permitem examinar dados científicos na mesma conversa em que a análise é feita. Você pode examinar os detalhes, fazer perguntas adicionais e manter o que vê conectado à análise.
Primeiros passos com o Rosalind Workbench
Para experimentar esses fluxos de trabalho, abra o Rosalind Workbench no aplicativo ChatGPT e siga a configuração inicial guiada.
1. Comece com uma questão biológica
A tela inicial oferece tarefas de pesquisa em design de proteínas, design de pequenas moléculas, segurança e viabilidade de desenvolvimento, estrutura e sequência, genômica e patologia e validação experimental. Você pode selecionar uma tarefa ou explorar as ferramentas científicas disponíveis.
2. Conecte ferramentas científicas especializadas
A próxima etapa depende da questão. Por exemplo, um pesquisador que esteja projetando nanocorpos contra PD-L1 poderia classificar os principais candidatos e depois usar a tarefa de validação experimental para planejar e orçar ensaios de ligação para cinco nanocorpos. Um pesquisador que trabalhe com pequenas moléculas poderia realizar o acoplamento molecular do imatinibe à ABL1, examinar as cinco principais poses e analisar as interações resultantes nas ferramentas de estrutura molecular.
Da mesma forma, a tarefa de RNA-seq de vias aéreas tratadas com dexametasona oferece a um pesquisador de genômica um ponto de partida no NGS Analysis Workbench, mantendo a questão biológica vinculada à análise.
Essas tarefas ilustram como design, análise, inspeção e validação podem compartilhar o mesmo objetivo de pesquisa. Os fluxos de trabalho guiados reduzem a configuração necessária para alternar entre ferramentas, deixando mais tempo para considerar a questão biológica e revisar as evidências.
3. Execute fluxos de trabalho de pesquisa guiados para seus estudos genômicos
A análise de sequenciamento costuma exigir muitas decisões e conjuntos de dados interligados antes que um resultado biológico possa ser interpretado. É preciso associar arquivos a metadados, avaliar a qualidade, identificar a réplica biológica correta e selecionar um delineamento estatístico adequado.
O Rosalind NGS Workbench ajuda a conectar essas etapas em um único processo que pode ser revisado.
Dos dados de sequenciamento a uma decisão de pesquisa
Dos dados de entrada em FASTQ ao controle de qualidade, à análise de bulk RNA-seq ou de células individuais, o Rosalind prepara um plano para aprovação do pesquisador, coordena as ferramentas selecionadas e retorna resultados rastreáveis que podem ser revisados.
Explorando o Rosalind Workbench
Independentemente de como você começa, o objetivo é o mesmo: partir de uma questão de pesquisa e chegar a evidências que você possa examinar, com um registro claro de como o trabalho foi feito e do que pode explorar a seguir.
A pesquisa avançada em ciências da vida exige tanto raciocínio complexo quanto salvaguardas adequadas a informações biológicas sensíveis. O agente do ChatGPT no Rosalind Workbench oferece dois modos:
Modo Explorar: Faça perguntas científicas gerais e explore ideias usando os modelos do ChatGPT disponíveis para você.
Modo Pesquisa: Trabalhe em questões biológicas mais complexas, análises aprofundadas e fluxos de trabalho de pesquisa avançados. Membros verificados de organizações podem solicitar acesso em nome de sua organização. O acesso individual estará disponível em breve.
Reunindo todas as partes da sua pesquisa
A pesquisa costuma perder ritmo na passagem de uma etapa para outra. Os dados ficam em um lugar, a análise acontece em outro, e pode ser difícil rastrear os métodos que levaram a um resultado. Pesquisadores gastam tempo demais esperando que o trabalho passe de uma pessoa para outra, reconstruindo o contexto e entendendo o que aconteceu antes de poderem decidir o próximo passo.
Manter a pergunta, as ferramentas, a análise e as evidências em um só lugar facilita o acompanhamento dessas transições. Com o Rosalind Workbench, você pode revisar as decisões importantes, acompanhar como um resultado foi produzido e passar de uma etapa à seguinte sem recomeçar nem perder o fio da pesquisa. Isso significa menos tempo coordenando o trabalho e mais tempo decidindo o que as evidências indicam e o que testar a seguir.
Como obter acesso
Em caso de dúvidas, entre em contato pelo e-mail support@openai.com.