数据分散、工具彼此孤立、实验记录不清晰，都可能阻碍科研工作：数据可能在一个地方，分析在另一个地方，而结果如何产生的记录又在别处。要循着证据决定下一步研究什么，就需要将这些环节关联起来。
因此，我们打造了 Rosalind Workbench，将这些工作整合到同一个环境中。
它为生命科学用户提供了一个集中的环境，让他们能够使用自己喜爱的科学工具，探索新的生物学专用模型，并定义最常用的数据分析工作流。这个虚拟工作台提供引导式体验，帮助科学家充分利用前沿模型和先进的科学工具，加快研究进程。
Rosalind Workbench 现已通过 ChatGPT 应用提供研究预览版。研究人员可以在其中尝试引导式科学任务，并根据自己的数据、方法和研究目标进行调整。
Rosalind Workbench 基于我们的生命科学专用模型 GPT-Rosalind 构建。该模型将前沿推理能力与专业工具编排相结合，覆盖药物化学、基因组学、湿实验辅助及其他科学应用。我们设想，未来智能体团队将在这些领域协同工作，让研究人员能够获得更广泛的专业知识，并有能力探索更具挑战性的科学问题。
探索科学工作流
不同学科使用的数据和方法各不相同，但根本需求往往一致：为生物学问题找到恰当的证据，并明确如何做出下一步决策。
研究很少能完全在单一工具中完成。以疾病机制问题为例：研究可能从一个基因组信号出发，继而涉及分子结构，需要从文献中寻找证据，最终形成新的实验设计。每一步使用的数据和方法都不同，但仍需要回答同一个生物学问题。
Rosalind Workbench 帮助您串联这些环节：您可以先通过引导式示例了解它能做什么，再根据自己的数据、方法和研究目标调整做法。每个示例都展示了如何利用多种专业工具推进一个生物学问题的研究，同时始终将计划、中间结果和支持证据关联在一起。
探索蛋白质分子结构
在这个示例中，一位科学家研究与司美格鲁肽结合的 GLP1R 的结构。这位科学家指示模型与查看器交互，解释 PDB 文件中的结构特征，并制作一段视频，展示该蛋白质复合物的关键特征。
查看证据
专业查看器让您可以在进行分析的同一段对话中查看科学数据。您可以检查细节、提出后续问题，并将看到的内容与分析联系起来。
Rosalind Workbench 入门
要尝试这些工作流，请在 ChatGPT 应用中打开 Rosalind Workbench，并按照入门引导操作。
1. 从一个生物学问题开始
起始界面提供多种研究任务，涵盖蛋白质设计、小分子设计、安全性与可开发性、结构与序列、基因组学与病理学，以及实验验证。您可以选择一个任务，也可以探索可用的科学工具。
2. 连接专业科学工具
下一步取决于所研究的问题。例如，设计 PD-L1 纳米抗体的研究人员可以对优选候选抗体进行排序，再使用实验验证任务，为五种纳米抗体规划结合实验并估算费用。研究小分子的研究人员可以将伊马替尼对接到 ABL1，检查排名前五的对接构象，并在分子结构工具中查看形成的相互作用。
同样，地塞米松处理的气道 RNA-seq 任务为基因组学研究人员提供了在 NGS Analysis Workbench 中开始分析的切入点，让生物学问题与分析保持关联。
这些任务展示了设计、分析、检查和验证如何围绕同一个研究目标展开。引导式工作流减少了在工具之间切换时所需的设置工作，让研究人员有更多时间思考生物学问题并审查证据。
3. 为您的基因组研究运行引导式研究工作流
在测序分析中，解读生物学结果之前，往往需要做出许多相互关联的决策，并整合多个数据集。必须将文件与元数据匹配、评估质量、识别正确的生物学重复，并选择合适的统计设计。
Rosalind NGS Workbench 帮助将这些步骤串联成一个可供审查的流程。
从测序数据到研究决策
从 FASTQ 输入到质量控制、bulk RNA-seq 或单细胞分析，Rosalind 会准备计划供研究人员审批，协调所选工具，并返回可追溯、可审查的输出。
探索 Rosalind Workbench
无论您从哪里开始，目标都一样：从研究问题出发，获得可以检查的证据，并清楚记录工作是如何完成的，以及接下来可以探索什么。
前沿生命科学研究既需要复杂的推理，也需要与敏感生物信息相适应的安全保障。Rosalind Workbench 中的 ChatGPT 智能体支持两种模式：
探索模式： 使用您可用的 ChatGPT 模型，提出一般性科学问题并探索想法。
研究模式： 处理更复杂的生物学问题、开展深入分析，并运行高级研究工作流。经过验证的组织成员可以代表其组织申请访问权限。个人访问权限即将开放。
串联研究的每一个环节
研究往往会因步骤之间的衔接不畅而放缓。数据存放在一处，分析在另一处进行，而得出结果所用的方法可能难以追溯。研究人员花费过多时间等待交接、重新梳理上下文、弄清此前的工作，之后才能决定下一步该做什么。
将研究问题、工具、分析和证据集中在一处，可以让各步骤之间的衔接更清晰。在 Rosalind Workbench 中，您可以审查关键选择，追溯结果的产生过程，并从一个步骤推进到下一个步骤，无需从头开始，也不会丢失研究脉络。这样，您就能减少协调工作的时间，把更多时间用于判断证据说明了什么，以及接下来该验证什么。
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