Los datos fragmentados, las herramientas desconectadas y los registros experimentales poco claros pueden dificultar el trabajo científico: los datos pueden estar en un lugar, el análisis en otro y el registro de cómo se obtuvo un resultado en otro más. Seguir la evidencia implica mantener conectados esos elementos mientras decides qué investigar después.
Por eso creamos Rosalind Workbench: para reunir ese trabajo en un solo entorno.
Ofrece a los usuarios de ciencias de la vida un entorno centralizado para aprovechar sus herramientas científicas favoritas, explorar nuevos modelos especializados en biología y definir los flujos de análisis de datos que más utilizan. Este entorno de trabajo virtual ofrece una experiencia guiada que ayuda a los científicos a aprovechar al máximo los modelos de vanguardia y las herramientas científicas más avanzadas para acelerar sus investigaciones.
Rosalind Workbench está disponible como versión preliminar de investigación a través de la app de ChatGPT, donde los investigadores pueden probar tareas científicas guiadas y adaptarlas a sus propios datos, métodos y objetivos de investigación.
Rosalind Workbench se basa en GPT-Rosalind, nuestro modelo especializado en ciencias de la vida, que combina razonamiento de vanguardia con la orquestación de herramientas especializadas en química medicinal, genómica, asistencia en el laboratorio experimental y otras aplicaciones científicas. A futuro, imaginamos equipos de agentes que colaboren en estas disciplinas para dar a los investigadores acceso a conocimientos especializados más amplios y la capacidad de abordar preguntas científicas más ambiciosas.
Explorar flujos de trabajo científicos
Cada disciplina utiliza datos y métodos diferentes, pero la necesidad de fondo suele ser la misma: conectar una pregunta biológica con la evidencia adecuada y aclarar el camino hacia la siguiente decisión.
La investigación rara vez se resuelve con una sola herramienta. Piensa en una pregunta sobre el mecanismo de una enfermedad: podría comenzar con una señal genómica, llevar a una estructura molecular, requerir evidencia de la literatura científica y terminar en un nuevo diseño experimental. Cada paso utiliza datos y métodos diferentes, pero debe seguir respondiendo a la misma pregunta biológica.
Rosalind Workbench ayuda a conectar esos elementos: puedes comenzar con un ejemplo guiado para entender las posibilidades y luego adaptar el enfoque a tus datos, métodos y objetivo de investigación. Cada ejemplo muestra cómo se puede abordar una pregunta biológica con distintas herramientas especializadas mientras el plan, los resultados intermedios y la evidencia de respaldo permanecen conectados.
Explora la estructura molecular de las proteínas
En este ejemplo, un científico investiga la estructura de GLP1R unido a semaglutida. Le indica al modelo que interactúe con el visor, explique las características estructurales del archivo PDB y cree un video que muestre las características principales del complejo proteico.
Examinar la evidencia
Los visores especializados te permiten examinar datos científicos en la misma conversación donde se realiza el análisis. Puedes examinar los detalles, hacer preguntas de seguimiento y mantener lo que ves conectado con el análisis.
Primeros pasos con Rosalind Workbench
Para probar estos flujos de trabajo, abre Rosalind Workbench en la app de ChatGPT y sigue el proceso guiado de introducción.
1. Comienza con una pregunta biológica
La pantalla inicial ofrece tareas de investigación en diseño de proteínas, diseño de moléculas pequeñas, seguridad y viabilidad de desarrollo, estructura y secuencia, genómica y patología, y validación experimental. Puedes seleccionar una tarea o explorar las herramientas científicas disponibles.
2. Conecta herramientas científicas especializadas
El siguiente paso depende de la pregunta. Por ejemplo, un investigador que diseñe nanocuerpos contra PD-L1 podría ordenar los candidatos más prometedores y luego usar la tarea de validación experimental para planificar y cotizar ensayos de unión para cinco nanocuerpos. Un investigador que trabaje con moléculas pequeñas podría realizar el acoplamiento molecular de imatinib en ABL1, examinar las cinco poses más prometedoras y analizar las interacciones resultantes con las herramientas de estructura molecular.
De manera similar, la tarea de RNA-seq de vías respiratorias tratadas con dexametasona ofrece a un investigador en genómica un punto de partida en NGS Analysis Workbench, manteniendo la pregunta biológica vinculada al análisis.
Estas tareas ilustran cómo el diseño, el análisis, la inspección y la validación pueden compartir un mismo objetivo de investigación. Los flujos de trabajo guiados reducen la configuración necesaria para pasar de una herramienta a otra, lo que deja más tiempo para considerar la pregunta biológica y revisar la evidencia.
3. Ejecuta flujos de trabajo de investigación guiados para tus estudios genómicos
El análisis de secuenciación suele requerir muchas decisiones y conjuntos de datos interconectados antes de poder interpretar un resultado biológico. Es necesario vincular los archivos con los metadatos, evaluar la calidad, identificar la réplica biológica correcta y seleccionar un diseño estadístico adecuado.
Rosalind NGS Workbench ayuda a conectar esos pasos en un solo proceso que se puede revisar.
De los datos de secuenciación a una decisión de investigación
Desde los archivos de entrada FASTQ hasta el control de calidad, el RNA-seq bulk o el análisis de células individuales, Rosalind prepara un plan para que el investigador lo apruebe, coordina las herramientas seleccionadas y devuelve resultados trazables que se pueden revisar.
Explorar Rosalind Workbench
Independientemente de cómo comiences, el objetivo es el mismo: pasar de una pregunta de investigación a evidencia que puedas examinar, con un registro claro de cómo se realizó el trabajo y qué puedes explorar después.
La investigación avanzada en ciencias de la vida requiere tanto razonamiento complejo como medidas de protección adecuadas para la información biológica sensible. El agente de ChatGPT en Rosalind Workbench ofrece dos modos:
Modo Explorar: haz preguntas científicas generales y explora ideas con los modelos de ChatGPT que tienes disponibles.
Modo Investigación: trabaja en preguntas biológicas más complejas, análisis en profundidad y flujos de trabajo de investigación avanzados. Los miembros verificados de una organización pueden solicitar acceso en nombre de ella. El acceso individual estará disponible próximamente.
Reunir todas las partes de tu investigación
La investigación suele ralentizarse al pasar de una etapa a otra. Los datos están en un lugar, el análisis se realiza en otro y puede ser difícil rastrear los métodos que llevaron a un resultado. Los investigadores dedican demasiado tiempo a esperar que se les entregue el trabajo, reconstruir el contexto y entender qué ocurrió antes de poder decidir cómo seguir.
Mantener la pregunta, las herramientas, el análisis y la evidencia en un solo lugar facilita el seguimiento de esas transiciones. Con Rosalind Workbench, puedes revisar las decisiones importantes, seguir cómo se obtuvo un resultado y pasar de una etapa a la siguiente sin empezar de nuevo ni perder el hilo. Eso significa dedicar menos tiempo a coordinar el trabajo y más a determinar qué indica la evidencia y qué probar después.
Cómo obtener acceso
Si tienes preguntas, escribe a support@openai.com.