分散的資料、互不相通的工具，以及不清楚的實驗紀錄，都可能妨礙科學研究：資料可能放在一處，分析在另一處，而結果如何產生的紀錄又在別處。要循著證據決定下一步研究方向，就必須讓這些環節保持連貫。
因此，我們打造了 Rosalind Workbench，將這些工作整合到同一個環境中。
它為生命科學使用者提供一個集中式環境，讓他們使用偏好的科學工具、探索新的生物學專用模型，並定義最常用的資料分析工作流程。這個虛擬工作台提供引導式體驗，協助科學家充分運用前沿模型與最先進的科學工具，加速研究進展。
Rosalind Workbench 目前透過 ChatGPT 應用程式提供研究預覽版，研究人員可以試用引導式科學任務，並依自己的資料、方法與研究目標加以調整。
Rosalind Workbench 以我們的生命科學專用模型 GPT-Rosalind 為基礎。這個模型結合前沿推理能力與專業工具編排，應用於藥物化學、基因體學、濕式實驗輔助及其他科學領域。我們期望未來能有智慧體團隊跨領域協作，讓研究人員取得更廣泛的專業知識，並有能力探究更具挑戰性的科學問題。
探索科學工作流程
不同領域使用的資料與方法各不相同，但根本需求往往一致：為生物學問題找到合適的證據，並釐清下一步決策的方向。
研究很少能完全在單一工具中完成。以疾病機制的問題為例：研究可能從基因體訊號開始，接著探究分子結構，再尋找文獻證據，最後形成新的實驗設計。每個步驟使用不同的資料與方法，但仍然必須回答同一個生物學問題。
Rosalind Workbench 協助串連這些環節：你可以先從引導式範例了解能做到哪些事，再依自己的資料、方法與研究目標調整做法。每個範例都示範如何運用各種專業工具探究生物學問題，同時讓計畫、中間結果與佐證資料保持連貫。
探索蛋白質分子結構
在這個範例中，一位科學家研究 GLP1R 與 semaglutide 結合後的結構。這位科學家指示模型操作檢視器、解釋 PDB 檔案中的結構特徵，並製作影片，呈現此蛋白質複合體的關鍵特徵。
檢視證據
專業檢視器讓你能在進行分析的同一段對話中查看科學資料。你可以檢視細節、提出後續問題，並將觀察到的內容與分析相互對照。
開始使用 Rosalind Workbench
若要試用這些工作流程，請在 ChatGPT 應用程式中開啟 Rosalind Workbench，並依照初次使用引導操作。
1. 從生物學問題開始
起始畫面提供的研究任務涵蓋蛋白質設計、小分子設計、安全性與可開發性、結構與序列、基因體學與病理學，以及實驗驗證。你可以選擇一項任務，或探索可用的科學工具。
2. 串連專業科學工具
下一步取決於研究問題。例如，設計 PD-L1 奈米抗體的研究人員可以將表現領先的候選抗體排序，再利用實驗驗證任務，規劃五種奈米抗體的結合試驗並估算費用。研究小分子的研究人員則可以將 imatinib 對接至 ABL1，檢視排名前五的對接姿態，並在分子結構工具中查看所形成的交互作用。
同樣地，針對經 dexamethasone 處理的呼吸道樣本所設計的 RNA-seq 任務，為基因體學研究人員提供了在 NGS Analysis Workbench 中開始分析的起點，並將生物學問題與分析連結起來。
這些任務示範了設計、分析、檢視與驗證如何圍繞同一個研究目標展開。引導式工作流程減少了在工具之間切換時所需的設定工作，讓研究人員有更多時間思考生物學問題並審查證據。
3. 為基因體研究執行引導式研究工作流程
在定序分析中，往往必須整合多個相互關聯的決策與資料集，才能解讀生物學結果。必須將檔案與中繼資料配對、評估品質、確認正確的生物重複樣本，並選擇合適的統計設計。
Rosalind NGS Workbench 協助將這些步驟串連成一套可供審查的流程。
從定序資料到研究決策
從 FASTQ 輸入到品質管制、bulk RNA-seq 或單細胞分析，Rosalind 會擬定計畫供研究人員核准、協調所選工具的運作，並回傳可追溯、可審查的輸出。
探索 Rosalind Workbench
無論從何處開始，目標都一樣：從研究問題出發，找到可供檢視的證據，並清楚記錄工作如何完成，以及接下來可以探索的方向。
進階生命科學研究既需要複雜的推理，也需要適合敏感生物資訊的防護措施。Rosalind Workbench 中的 ChatGPT 智慧體支援兩種模式：
探索模式： 使用你可存取的 ChatGPT 模型，提出一般科學問題並探索想法。
研究模式： 處理更複雜的生物學問題、進行深入分析，並執行進階研究工作流程。已通過驗證的組織成員可以代表組織申請存取權。個人存取權即將開放。
整合研究的每個環節
研究往往因為步驟之間銜接不順而進展緩慢。資料存放在一處，分析卻在另一處進行，而產生結果所用的方法也可能難以追溯。研究人員得花太多時間等待交接、重新掌握上下文、釐清先前的處理過程，才能決定下一步該怎麼做。
將研究問題、工具、分析和證據集中在同一處，就能更容易掌握各步驟之間的銜接。透過 Rosalind Workbench，你可以審查重要決策、追溯結果的產生過程，並順利進入下一個步驟，不必從頭來過，也不會失去研究脈絡。這讓你能少花些時間協調工作，多花些時間判斷證據說明了什麼，以及接下來該驗證什麼。
取得使用權限
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