Des données dispersées, des outils déconnectés et des comptes rendus d’expériences peu clairs peuvent entraver le travail scientifique : les données se trouvent parfois à un endroit, l’analyse à un autre et la description de la méthode ayant produit un résultat ailleurs encore. Pour suivre les éléments probants et décider de la suite de vos recherches, il faut garder ces différentes composantes reliées entre elles.
C’est pourquoi nous avons créé Rosalind Workbench : pour réunir ce travail dans un seul environnement.
Il offre aux utilisateurs en sciences de la vie un environnement centralisé pour utiliser leurs outils scientifiques favoris, découvrir de nouveaux modèles spécialisés en biologie et définir leurs workflows d’analyse de données les plus courants. Cet espace de travail virtuel propose un parcours guidé qui aide les scientifiques à tirer le meilleur parti des modèles de pointe et des outils scientifiques les plus avancés pour accélérer leurs recherches.
Rosalind Workbench est disponible en version préliminaire de recherche dans l’application ChatGPT, où les chercheurs peuvent essayer des tâches scientifiques guidées et les adapter à leurs propres données, méthodes et objectifs de recherche.
Rosalind Workbench s’appuie sur GPT-Rosalind, notre modèle dédié aux sciences de la vie, qui associe un raisonnement de pointe à l’orchestration d’outils spécialisés en chimie médicinale, en génomique, en assistance aux expériences de laboratoire et dans d’autres applications scientifiques. À terme, nous envisageons des équipes d’agents collaborant dans ces différents domaines, afin d’offrir aux chercheurs une expertise plus large et les moyens d’explorer des questions scientifiques plus ambitieuses.
Explorer les workflows scientifiques
Les données et les méthodes varient selon les disciplines, mais le besoin fondamental est souvent le même : relier une question biologique aux éléments probants pertinents et clarifier les étapes menant à la prochaine décision.
La recherche se limite rarement à un seul outil. Prenons une question sur le mécanisme d’une maladie : elle peut partir d’un signal génomique, mener à une structure moléculaire, nécessiter des éléments issus de la littérature scientifique et aboutir à un nouveau protocole expérimental. Chaque étape utilise des données et des méthodes différentes, tout en devant contribuer à répondre à la même question biologique.
Rosalind Workbench aide à relier ces éléments : vous pouvez commencer par un exemple guidé pour découvrir les possibilités, puis adapter la démarche à vos données, à vos méthodes et à votre objectif de recherche. Chaque exemple montre comment explorer une question biologique à l’aide de différents outils spécialisés, tout en maintenant le lien entre le plan, les résultats intermédiaires et les éléments qui les étayent.
Explorez la structure moléculaire d’une protéine
Dans cet exemple, un scientifique étudie la structure de GLP1R lié au sémaglutide. Il demande au modèle d’interagir avec l’outil de visualisation, d’expliquer les caractéristiques structurales présentes dans le fichier PDB et de créer une vidéo montrant les principales caractéristiques du complexe protéique.
Examiner les éléments probants
Les outils de visualisation spécialisés vous permettent d’examiner les données scientifiques dans la conversation où se déroule l’analyse. Vous pouvez en examiner les détails, poser des questions complémentaires et garder vos observations reliées à l’analyse.
Bien démarrer avec Rosalind Workbench
Pour essayer ces workflows, ouvrez Rosalind Workbench dans l’application ChatGPT et suivez le parcours de prise en main guidé.
1. Partez d’une question biologique
L’écran de démarrage propose des tâches de recherche dans les domaines de la conception de protéines, de la conception de petites molécules, de la sécurité et de l’aptitude au développement, de la structure et des séquences, de la génomique et de la pathologie, ainsi que de la validation expérimentale. Vous pouvez sélectionner une tâche ou explorer les outils scientifiques disponibles.
2. Connectez des outils scientifiques spécialisés
L’étape suivante dépend de la question. Par exemple, un chercheur qui conçoit des nanocorps ciblant PD-L1 pourrait classer les candidats les plus prometteurs, puis utiliser la tâche de validation expérimentale pour planifier des essais de liaison pour cinq nanocorps et en estimer le coût. Un chercheur travaillant sur de petites molécules pourrait réaliser un amarrage moléculaire de l’imatinib dans ABL1, examiner les cinq meilleures poses et étudier les interactions obtenues dans les outils de visualisation des structures moléculaires.
De même, la tâche d’analyse RNA-seq des voies respiratoires traitées à la dexaméthasone offre au chercheur en génomique un point de départ dans NGS Analysis Workbench, tout en gardant la question biologique liée à l’analyse.
Ces tâches montrent comment la conception, l’analyse, l’examen et la validation peuvent servir un même objectif de recherche. Les workflows guidés réduisent la configuration nécessaire pour passer d’un outil à l’autre, ce qui laisse davantage de temps pour réfléchir à la question biologique et examiner les éléments probants.
3. Exécutez des workflows de recherche guidés pour vos études génomiques
L’analyse de données de séquençage nécessite souvent de nombreux choix interdépendants et jeux de données avant de pouvoir interpréter un résultat biologique. Il faut associer les fichiers à leurs métadonnées, évaluer la qualité, identifier le bon réplicat biologique et choisir un plan statistique adapté.
Rosalind NGS Workbench aide à relier ces étapes au sein d’un processus unique que vous pouvez examiner.
Des données de séquençage à une décision de recherche
Des fichiers FASTQ en entrée au contrôle qualité, à l’analyse bulk RNA-seq ou à l’analyse unicellulaire, Rosalind prépare un plan à soumettre à l’approbation du chercheur, coordonne les outils sélectionnés et fournit des résultats traçables qui peuvent être examinés.
Explorer Rosalind Workbench
Quel que soit votre point de départ, l’objectif reste le même : passer d’une question de recherche à des éléments probants que vous pouvez examiner, avec une trace claire du travail réalisé et des pistes à explorer ensuite.
La recherche avancée en sciences de la vie exige à la fois un raisonnement complexe et des mesures de protection adaptées aux informations biologiques sensibles. L’agent ChatGPT de Rosalind Workbench propose deux modes :
Mode Explorer : Posez des questions scientifiques générales et explorez des idées à l’aide des modèles ChatGPT auxquels vous avez accès.
Mode Recherche : Travaillez sur des questions biologiques plus complexes, menez des analyses approfondies et utilisez des workflows de recherche avancés. Les membres vérifiés d’une organisation peuvent demander un accès au nom de celle-ci. L’accès individuel sera bientôt disponible.
Réunir tous les aspects de votre recherche
La recherche ralentit souvent entre les étapes. Les données sont stockées à un endroit, l’analyse se déroule ailleurs et les méthodes qui ont conduit à un résultat peuvent être difficiles à retracer. Les chercheurs passent trop de temps à attendre le relais d’autres intervenants, à reconstituer le contexte et à comprendre ce qui a été fait avant de pouvoir décider de la suite.
Réunir la question, les outils, l’analyse et les éléments probants au même endroit facilite le suivi de ces transitions. Avec Rosalind Workbench, vous pouvez examiner les choix importants, retracer la manière dont un résultat a été obtenu et passer d’une étape à l’autre sans recommencer ni perdre le fil. Vous consacrez ainsi moins de temps à coordonner le travail et davantage à déterminer ce que les éléments probants permettent de conclure et ce qu’il faut tester ensuite.
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