Codex use case
為 scRNA-seq 資料進行註釋
在同一對話中審查單細胞 QC、註釋和 UMAP 圖。
Difficulty 中級
Time horizon 1 小時
使用 ChatGPT 搭配 NGS Analysis 外掛程式，將 10x 格式的矩陣檔案組轉換為經 QC 篩選的單細胞分析產物、附有閾值選擇依據的篩選摘要、註釋和 UMAP 圖，並可在同一對話中檢查及修改。
最適合
- 在產生計數後進行矩陣層級 QC、註釋和視覺化的單細胞分析團隊。
- 需要以明確依據支持篩選閾值，並保留可稽核記錄以追蹤遭移除或標記細胞的研究人員。
- 需要可攜式審查介面，以查看產生的圖表與視覺化索引，並透過筆記本或應用程式交接成果的團隊。
Contents
為 scRNA-seq 資料進行註釋
在同一對話中審查單細胞 QC、註釋和 UMAP 圖。
使用 ChatGPT 搭配 NGS Analysis 外掛程式，將 10x 格式的矩陣檔案組轉換為經 QC 篩選的單細胞分析產物、附有閾值選擇依據的篩選摘要、註釋和 UMAP 圖，並可在同一對話中檢查及修改。
中級
1 小時
使用 ChatGPT 搭配 NGS Analysis 外掛程式，將 10x 格式的矩陣檔案組轉換為經 QC 篩選的單細胞分析產物、附有閾值選擇依據的篩選摘要、註釋和 UMAP 圖，並可在同一對話中檢查及修改。
中級
1 小時
相關連結
最適合
- 在產生計數後進行矩陣層級 QC、註釋和視覺化的單細胞分析團隊。
- 需要以明確依據支持篩選閾值，並保留可稽核記錄以追蹤遭移除或標記細胞的研究人員。
- 需要可攜式審查介面，以查看產生的圖表與視覺化索引，並透過筆記本或應用程式交接成果的團隊。
技能與外掛程式
- 執行單細胞計數後 QC，並回傳篩選、視覺化、註釋和筆記本產物。
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | 執行單細胞計數後 QC，並回傳篩選、視覺化、註釋和筆記本產物。 |
起始提示詞
使用 NGS Analysis 外掛程式。
將這份矩陣層級輸入連同指定的 10x 格式矩陣檔案組、資訊清單與資料集的中繼資料，交由 scrna-seq-qc 處理。
根據觀察到的分布選擇 QC 閾值、保留原始計數，並產生 global/per-group UMAP 圖。
回傳：
- summary.md
- 一份 QC 摘要表，列出每項篩選條件移除或標記的細胞
- 閾值選擇依據圖
- 經篩選的 .h5ad
使用 NGS Analysis 外掛程式。
將這份矩陣層級輸入連同指定的 10x 格式矩陣檔案組、資訊清單與資料集的中繼資料，交由 scrna-seq-qc 處理。
根據觀察到的分布選擇 QC 閾值、保留原始計數，並產生 global/per-group UMAP 圖。
回傳：
- summary.md
- 一份 QC 摘要表，列出每項篩選條件移除或標記的細胞
- 閾值選擇依據圖
- 經篩選的 .h5ad
善用技能
NGS Analysis 外掛程式包含：
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
使用此外掛程式時，ChatGPT 可以使用其中封裝的所有技能。
逐步指南
- 向 ChatGPT 指明要使用的矩陣、條碼、基因或特徵、資訊清單和資料集的中繼資料，或提供確切的檔案參照資訊。
- 執行起始提示詞，讓 ChatGPT 根據觀察到的分布選擇 QC 閾值，並將選擇依據記錄在此次執行的產物中。
- 開啟視覺化索引，以及審查用的筆記本或應用程式，查看通過或未通過 QC 的細胞數、UMAP 圖和註釋信賴度。
- 在同一對話中繼續操作，以微調閾值、提供相符的參考圖譜，或在解除雙細胞偵測的阻礙後重新執行。
結果
這次執行會產生用於審查篩選決策的介面，而不只是 經篩選的矩陣。請先查看閾值選擇依據圖和 QC 摘要，瞭解每項篩選條件移除或標記了多少細胞，並 判斷選定的閾值是否符合觀察到的分布。
接著，依粗略標籤和 Leiden 叢集檢視產生的 UMAP 圖。這些 檢視畫面能幫助你找出註釋缺漏、可疑叢集，或 需要重新檢視的閾值設定。
最後，審查細胞層級的指標和篩選結果。ChatGPT 會保留
這份表格，以及經篩選的 .h5ad 和視覺化產物，讓你能夠
在同一對話中修改閾值，而不會遺失
第一輪篩選的決策依據。
