Codex use case
驗證 bulk RNA-seq 輸入資料
在差異表現分析前驗證 bulk RNA-seq 輸入資料。
Difficulty 中級
Time horizon 長時間執行
在 ChatGPT 中使用 NGS Analysis 外掛程式，驗證樣本表、FASTQ 與參考檔案，然後傳回 MultiQC、Salmon 矩陣、溯源資訊及簡短的 QC 判讀，再進行差異表現分析。
最適合
- 在差異表現分析前驗證 bulk RNA-seq 輸入資料的生物資訊團隊。
- 希望透過單一對話取得轉錄本與基因層級量化結果及 QC 的研究人員。
- 需要審查比對率、重複率、文庫類型及資源就緒狀態的團隊。
Contents
驗證 bulk RNA-seq 輸入資料
在差異表現分析前驗證 bulk RNA-seq 輸入資料。
在 ChatGPT 中使用 NGS Analysis 外掛程式，驗證樣本表、FASTQ 與參考檔案，然後傳回 MultiQC、Salmon 矩陣、溯源資訊及簡短的 QC 判讀，再進行差異表現分析。
中級
長時間執行
在 ChatGPT 中使用 NGS Analysis 外掛程式，驗證樣本表、FASTQ 與參考檔案，然後傳回 MultiQC、Salmon 矩陣、溯源資訊及簡短的 QC 判讀，再進行差異表現分析。
中級
長時間執行
相關連結
最適合
- 在差異表現分析前驗證 bulk RNA-seq 輸入資料的生物資訊團隊。
- 希望透過單一對話取得轉錄本與基因層級量化結果及 QC 的研究人員。
- 需要審查比對率、重複率、文庫類型及資源就緒狀態的團隊。
技能與外掛程式
- 驗證定序輸入資料、執行 bulk RNA-seq 計數與 QC，並傳回可供稽核的成品。
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | 驗證定序輸入資料、執行 bulk RNA-seq 計數與 QC，並傳回可供稽核的成品。 |
起始提示詞
請使用 NGS Analysis 外掛程式。
請使用所提供的樣本表、FASTQ 根目錄、轉錄體 FASTA、基因組 FASTA 與 GTF，執行 bulk RNA-seq 從 FASTQ 到計數的 QC。
請傳回：
- run_manifest.json
- MultiQC 與可在瀏覽器中安全開啟的審查連結
- Salmon 轉錄本層級與基因層級矩陣
- 驗證及資源就緒狀態相關成品
- 簡短的 QC 判讀，指出比對率、重複率、文庫類型一致性、離群樣本，以及任何會阻礙後續差異表現分析的問題
請使用 NGS Analysis 外掛程式。
請使用所提供的樣本表、FASTQ 根目錄、轉錄體 FASTA、基因組 FASTA 與 GTF，執行 bulk RNA-seq 從 FASTQ 到計數的 QC。
請傳回：
- run_manifest.json
- MultiQC 與可在瀏覽器中安全開啟的審查連結
- Salmon 轉錄本層級與基因層級矩陣
- 驗證及資源就緒狀態相關成品
- 簡短的 QC 判讀，指出比對率、重複率、文庫類型一致性、離群樣本，以及任何會阻礙後續差異表現分析的問題
善用技能
NGS Analysis 外掛程式包含：
ngs-analysis-routerngs-bulk-rnaseq-counts-qcngs-runtime-env
使用此外掛程式時，ChatGPT 可以運用其中內含的所有技能。
逐步指南
- 請向 ChatGPT 指定內含樣本表、FASTQ、轉錄體 FASTA、基因組 FASTA 及 GTF 的目錄，或直接提供確切的檔案路徑。
- 執行起始提示詞，讓 ChatGPT 在實際執行前驗證鏈特異性、參考檔案一致性，以及工具是否準備就緒。
- 在 ChatGPT 中開啟產生的 MultiQC 和矩陣成品，以審查比對率、重複率、文庫類型一致性與資源就緒狀態。
- 在同一個對話中繼續處理，以排除阻礙因素、使用更新後的中繼資料重新執行，或將產生的基因層級矩陣提供給下游差異表現分析使用。
結果
此次執行會傳回經 QC 審查的計數套件，而非單純的量化 輸出。請先查看 MultiQC 報告，找出可能影響 下游判讀的警告。在此範例中，ChatGPT 會顯示 FastQC 序列內容警告與執行摘要，讓團隊判斷 觀察到的模式是否符合文庫製備的預期。
接著，請在同一份報告中查看 Salmon 統計資料。比對率、 文庫類型判定結果與重複情形，可用來快速確認是否已準備就緒， 再進行差異表現分析。
產生的基因層級計數矩陣會儲存成可重複使用的成品。請在 ChatGPT 中 開啟該矩陣，確認預期的樣本與特徵皆存在，再將矩陣與執行溯源資訊 一同保留，供下游分析使用。
