Codex use case
为 scRNA-seq 数据添加注释
在同一聊天中审查单细胞 QC、注释和 UMAP。
Difficulty 中级
Time horizon 1 小时
使用 ChatGPT 搭配 NGS Analysis 插件，将 10x 风格矩阵包转化为经过 QC 筛选的单细胞分析产物、附有阈值依据的筛选摘要、注释和 UMAP；您可以在同一聊天中检查并修改这些内容。
最适合
- 在生成计数后开展矩阵级 QC、注释和可视化的单细胞分析团队。
- 需要有明确阈值依据的筛选和被移除或标记细胞的可审计记录的研究人员。
- 希望获得可移植审查界面的团队，该界面包含生成的图表、可视化索引，以及用于交接的笔记本或应用。
Contents
为 scRNA-seq 数据添加注释
在同一聊天中审查单细胞 QC、注释和 UMAP。
使用 ChatGPT 搭配 NGS Analysis 插件，将 10x 风格矩阵包转化为经过 QC 筛选的单细胞分析产物、附有阈值依据的筛选摘要、注释和 UMAP；您可以在同一聊天中检查并修改这些内容。
中级
1 小时
使用 ChatGPT 搭配 NGS Analysis 插件，将 10x 风格矩阵包转化为经过 QC 筛选的单细胞分析产物、附有阈值依据的筛选摘要、注释和 UMAP；您可以在同一聊天中检查并修改这些内容。
中级
1 小时
最适合
- 在生成计数后开展矩阵级 QC、注释和可视化的单细胞分析团队。
- 需要有明确阈值依据的筛选和被移除或标记细胞的可审计记录的研究人员。
- 希望获得可移植审查界面的团队，该界面包含生成的图表、可视化索引，以及用于交接的笔记本或应用。
技能与插件
- 运行单细胞计数后 QC，并返回筛选、可视化、注释和笔记本产物。
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | 运行单细胞计数后 QC，并返回筛选、可视化、注释和笔记本产物。 |
入门提示
使用 NGS Analysis 插件。
使用指定的 10x 风格矩阵包以及清单和数据集元数据，将此矩阵级输入交由 scrna-seq-qc 处理。
根据观察到的分布选择 QC 阈值，保留原始计数，并生成 global/per-group UMAP。
返回：
- summary.md
- 一份 QC 摘要表，其中列出每个筛选条件移除或标记的细胞数
- 阈值设定依据图
- 经过筛选的 .h5ad
使用 NGS Analysis 插件。
使用指定的 10x 风格矩阵包以及清单和数据集元数据，将此矩阵级输入交由 scrna-seq-qc 处理。
根据观察到的分布选择 QC 阈值，保留原始计数，并生成 global/per-group UMAP。
返回：
- summary.md
- 一份 QC 摘要表，其中列出每个筛选条件移除或标记的细胞数
- 阈值设定依据图
- 经过筛选的 .h5ad
利用技能
NGS Analysis 插件包括：
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
使用该插件时，ChatGPT 可以使用其中封装的所有技能。
分步指南
- 向 ChatGPT 指明相应的矩阵、条形码、基因或特征、清单和数据集元数据，或提供确切的文件引用。
- 运行起始提示，让 ChatGPT 根据观察到的分布选择 QC 阈值，并在运行产物中记录依据。
- 打开可视化索引，以及用于审查的笔记本或应用，检查通过或未通过 QC 的细胞数、UMAP 和注释置信度。
- 继续在同一聊天中优化阈值、提供匹配的参考图谱，或在排除导致双细胞检测受阻的问题后重新运行。
结果
此次运行会生成用于审查筛选决策的界面，而不只是 经过筛选的矩阵。首先查看阈值设定依据图和 QC 摘要，以了解每个筛选条件移除或标记了多少个细胞，并判断 所选阈值是否与观察到的分布相符。
然后，按粗粒度标签和 Leiden 聚类检查生成的 UMAP。这些 视图有助于识别注释缺口、可疑聚类，或 需要重新审视的阈值选择。
最后，审查细胞级指标和筛选结果。ChatGPT 会将
此表与经过筛选的 .h5ad 文件和可视化产物一并保留，以便您
在同一聊天中调整阈值，同时不会丢失
首次筛选的依据。
