Codex use case
验证 bulk RNA-seq 输入数据
在差异表达分析前验证 bulk RNA-seq 输入数据。
Difficulty 中级
Time horizon 长时间运行
在 ChatGPT 中使用 NGS Analysis 插件验证样本表、FASTQ 文件和参考文件，然后在进行差异表达分析前返回 MultiQC、Salmon 矩阵、溯源信息和简短的 QC 解读。
最适合
- 在差异表达分析前验证 bulk RNA-seq 输入数据的生物信息学团队。
- 希望在一次聊天中完成转录本级和基因级定量及质控的研究人员。
- 需要审查比对率、重复情况、文库类型和资源就绪情况的团队。
Contents
验证 bulk RNA-seq 输入数据
在差异表达分析前验证 bulk RNA-seq 输入数据。
在 ChatGPT 中使用 NGS Analysis 插件验证样本表、FASTQ 文件和参考文件，然后在进行差异表达分析前返回 MultiQC、Salmon 矩阵、溯源信息和简短的 QC 解读。
中级
长时间运行
在 ChatGPT 中使用 NGS Analysis 插件验证样本表、FASTQ 文件和参考文件，然后在进行差异表达分析前返回 MultiQC、Salmon 矩阵、溯源信息和简短的 QC 解读。
中级
长时间运行
相关链接
最适合
- 在差异表达分析前验证 bulk RNA-seq 输入数据的生物信息学团队。
- 希望在一次聊天中完成转录本级和基因级定量及质控的研究人员。
- 需要审查比对率、重复情况、文库类型和资源就绪情况的团队。
技能与插件
- 验证测序输入数据，执行 bulk RNA-seq 计数和质控，并返回可审计的产物。
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | 验证测序输入数据，执行 bulk RNA-seq 计数和质控，并返回可审计的产物。 |
入门提示
使用 NGS Analysis 插件。
使用所提供的样本表、FASTQ 根目录、转录组 FASTA、基因组 FASTA 和 GTF，对 bulk RNA-seq 执行从 FASTQ 到计数的质控。
返回：
- run_manifest.json
- MultiQC 以及可在浏览器中安全查看的审查链接
- Salmon 转录本级和基因级矩阵
- 验证和资源就绪情况相关产物
- 简短的 QC 解读，其中指出比对率、重复情况、文库类型一致性、离群样本，以及任何会阻碍后续差异表达分析的问题
使用 NGS Analysis 插件。
使用所提供的样本表、FASTQ 根目录、转录组 FASTA、基因组 FASTA 和 GTF，对 bulk RNA-seq 执行从 FASTQ 到计数的质控。
返回：
- run_manifest.json
- MultiQC 以及可在浏览器中安全查看的审查链接
- Salmon 转录本级和基因级矩阵
- 验证和资源就绪情况相关产物
- 简短的 QC 解读，其中指出比对率、重复情况、文库类型一致性、离群样本，以及任何会阻碍后续差异表达分析的问题
利用技能
NGS Analysis 插件包括：
ngs-analysis-routerngs-bulk-rnaseq-counts-qcngs-runtime-env
当您使用该插件时，ChatGPT 可以使用其中包含的所有技能。
分步指南
- 为 ChatGPT 指定包含样本表、FASTQ 文件、转录组 FASTA、基因组 FASTA 和 GTF 的目录，或提供各文件的准确路径。
- 运行入门提示，让 ChatGPT 在执行前验证链特异性、参考文件一致性和工具就绪情况。
- 在 ChatGPT 中打开生成的 MultiQC 和矩阵产物，审查比对率、重复情况、文库类型一致性和资源就绪情况。
- 继续在同一聊天中解决阻碍流程的问题、使用更新后的元数据重新运行，或将生成的基因级矩阵交给后续差异表达分析流程。
结果
此次运行返回的是经过质控审查的计数结果包，而不是单纯的定量 输出。先查看 MultiQC 报告，找出可能影响 后续解读的警告。在此示例中，ChatGPT 会将 FastQC 序列内容警告与运行摘要一并呈现，以便团队判断 观察到的模式是否符合该文库制备方法的预期。
接下来，审查同一报告中的 Salmon 统计信息。比对率、 文库类型判定和重复信号可用于进行简要的就绪情况 检查，以便在开展差异表达分析前判断是否准备就绪。
生成的基因级计数矩阵会保存为可复用产物。请在 ChatGPT 中打开它 以确认其中包含预期的样本和特征，然后将其保留 并与运行溯源信息放在一起，以供后续分析使用。
