Codex use case
bulk RNA-seq 入力データの検証
差次的発現解析の前に bulk RNA-seq 入力データを検証します。
ChatGPT で NGS Analysis プラグインを使用してサンプルシート、FASTQ、リファレンスを検証し、差次的発現解析に進む前に MultiQC、Salmon マトリックス、来歴情報、簡潔な QC 所見を返します。
最適な用途
- 差次的発現解析前の bulk RNA-seq 入力データを検証するバイオインフォマティクスチーム
- トランスクリプトレベルおよび遺伝子レベルの定量と QC を 1 つのチャットで行いたい研究者
- マッピング率、重複、ライブラリタイプ、リソースの準備状況に関するレビューが必要なチーム
Contents
bulk RNA-seq 入力データの検証
差次的発現解析の前に bulk RNA-seq 入力データを検証します。
ChatGPT で NGS Analysis プラグインを使用してサンプルシート、FASTQ、リファレンスを検証し、差次的発現解析に進む前に MultiQC、Salmon マトリックス、来歴情報、簡潔な QC 所見を返します。
ChatGPT で NGS Analysis プラグインを使用してサンプルシート、FASTQ、リファレンスを検証し、差次的発現解析に進む前に MultiQC、Salmon マトリックス、来歴情報、簡潔な QC 所見を返します。
関連リンク
最適な用途
- 差次的発現解析前の bulk RNA-seq 入力データを検証するバイオインフォマティクスチーム
- トランスクリプトレベルおよび遺伝子レベルの定量と QC を 1 つのチャットで行いたい研究者
- マッピング率、重複、ライブラリタイプ、リソースの準備状況に関するレビューが必要なチーム
スキルとプラグイン
- シーケンス入力データを検証し、bulk RNA-seq のカウント処理と QC を実行して、監査可能な成果物を返します。
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | シーケンス入力データを検証し、bulk RNA-seq のカウント処理と QC を実行して、監査可能な成果物を返します。 |
開始用プロンプト
スキルの活用
NGS Analysis プラグインには、以下が含まれています：
ngs-analysis-routerngs-bulk-rnaseq-counts-qcngs-runtime-env
このプラグインを使用すると、ChatGPT はパッケージに含まれるこれらすべてのスキルを利用できます。
手順ガイド
- サンプルシート、FASTQ、トランスクリプトーム FASTA、ゲノム FASTA、GTF があるディレクトリを ChatGPT に指定するか、各ファイルの正確な参照先を指定します。
- スタータープロンプトを実行すると、ChatGPT が処理開始前にストランド特異性、リファレンスの整合性、ツールの準備状況を検証します。
- 生成された MultiQC レポートとマトリックス成果物を ChatGPT で開き、マッピング率、重複、ライブラリタイプの一致、リソースの準備状況をレビューします。
- 同じチャットで作業を続け、必要に応じて阻害要因を解消したり、更新したメタデータで再実行したり、得られた遺伝子レベルのマトリックスを下流の差次的発現解析に渡したりします。
結果
この実行で返されるのは、単なる定量 出力ではなく、QC レビュー済みのカウントデータ一式です。まず、下流での解釈に影響する可能性がある 警告を MultiQC レポートで特定します。この例では、ChatGPT が FastQC の シーケンス内容に関する警告を実行サマリーと併せて表示するため、チームは 観察されたパターンがライブラリ調製で想定されるものかどうかを判断できます。
次に、同じレポートで Salmon の統計を確認します。マッピング率、 ライブラリタイプの判定結果、重複の兆候から、差次的発現解析に進む準備が整っているかを手早く 確認できます。
生成された遺伝子レベルのカウントマトリックスは、再利用可能な成果物として保存されます。これを ChatGPT で開き、想定されるサンプルと特徴量が含まれていることを確認したら、下流解析に備えて 実行来歴とともに保管します。
