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Codex use case

Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk

Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.

Difficulty Intermedio
Time horizon De larga duración

Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para validar hojas de muestras, archivos FASTQ y referencias, y luego obtener un informe de MultiQC, matrices de Salmon, datos de procedencia y una breve interpretación del control de calidad antes del análisis de expresión diferencial.

Ideal para

  • Equipos de bioinformática que validan datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.
  • Investigadores que buscan cuantificaciones a nivel de transcritos y genes, además del control de calidad, en un solo chat.
  • Equipos que necesitan revisar la tasa de mapeo, la duplicación y el tipo de biblioteca, y comprobar si los recursos están listos.

Contents

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    Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk

    Valida los datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.

    Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para validar hojas de muestras, archivos FASTQ y referencias, y luego obtener un informe de MultiQC, matrices de Salmon, datos de procedencia y una breve interpretación del control de calidad antes del análisis de expresión diferencial.

    Intermedio
    De larga duración

    Usa ChatGPT con el complemento NGS Analysis para validar hojas de muestras, archivos FASTQ y referencias, y luego obtener un informe de MultiQC, matrices de Salmon, datos de procedencia y una breve interpretación del control de calidad antes del análisis de expresión diferencial.

    Intermedio
    De larga duración

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    Ideal para

    • Equipos de bioinformática que validan datos de entrada de RNA-seq bulk antes del análisis de expresión diferencial.
    • Investigadores que buscan cuantificaciones a nivel de transcritos y genes, además del control de calidad, en un solo chat.
    • Equipos que necesitan revisar la tasa de mapeo, la duplicación y el tipo de biblioteca, y comprobar si los recursos están listos.

    Habilidades y complementos

    • NGS Analysis
      Valida los datos de secuenciación, ejecuta el conteo y el control de calidad de RNA-seq bulk, y devuelve artefactos auditables.
    Skill Why use it
    NGS Analysis Valida los datos de secuenciación, ejecuta el conteo y el control de calidad de RNA-seq bulk, y devuelve artefactos auditables.

    Prompt inicial

    Usa el complemento NGS Analysis. Ejecuta el control de calidad del flujo de FASTQ a conteos de RNA-seq bulk con la hoja de muestras, el directorio raíz de los archivos FASTQ, el archivo FASTA del transcriptoma, el archivo FASTA del genoma y el archivo GTF proporcionados. Devuelve: - run_manifest.json - MultiQC y enlaces de revisión que se puedan abrir de forma segura en el navegador - matrices de Salmon a nivel de transcritos y genes - artefactos de validación y verificación de que los recursos estén listos - una breve interpretación del control de calidad que destaque la tasa de mapeo, la duplicación, la concordancia del tipo de biblioteca, las muestras atípicas y cualquier problema que impida realizar posteriormente el análisis de expresión diferencial
    Usa el complemento NGS Analysis. Ejecuta el control de calidad del flujo de FASTQ a conteos de RNA-seq bulk con la hoja de muestras, el directorio raíz de los archivos FASTQ, el archivo FASTA del transcriptoma, el archivo FASTA del genoma y el archivo GTF proporcionados. Devuelve: - run_manifest.json - MultiQC y enlaces de revisión que se puedan abrir de forma segura en el navegador - matrices de Salmon a nivel de transcritos y genes - artefactos de validación y verificación de que los recursos estén listos - una breve interpretación del control de calidad que destaque la tasa de mapeo, la duplicación, la concordancia del tipo de biblioteca, las muestras atípicas y cualquier problema que impida realizar posteriormente el análisis de expresión diferencial

    Aprovecha las habilidades

    El complemento NGS Analysis incluye:

    • ngs-analysis-router
    • ngs-bulk-rnaseq-counts-qc
    • ngs-runtime-env

    Al usar el complemento, ChatGPT puede utilizar todas las habilidades incluidas en él.

    Guía paso a paso

    1. Indica a ChatGPT el directorio que contiene la hoja de muestras, los archivos FASTQ, el archivo FASTA del transcriptoma, el archivo FASTA del genoma y el archivo GTF, o proporciona referencias exactas de los archivos.
    2. Ejecuta el prompt inicial para que ChatGPT valide la especificidad de hebra de la biblioteca y la coherencia entre las referencias, y compruebe que las herramientas estén listas antes de iniciar la ejecución.
    3. Abre en ChatGPT los artefactos de MultiQC y las matrices generados para revisar la tasa de mapeo, la duplicación y la concordancia del tipo de biblioteca, y comprobar si los recursos están listos.
    4. Continúa en el mismo chat para resolver los bloqueos, volver a ejecutar con metadatos actualizados o pasar las matrices resultantes a nivel de genes al análisis posterior de expresión diferencial.

    Resultados

    La ejecución devuelve un paquete de conteos revisado mediante control de calidad, en lugar de un resultado de cuantificación sin revisión. Comienza por revisar el informe de MultiQC para identificar advertencias que podrían afectar la interpretación posterior. En este ejemplo, ChatGPT muestra las advertencias de FastQC sobre el contenido de las secuencias junto con el resumen de la ejecución para que el equipo pueda decidir si el patrón observado es el esperado para la preparación de la biblioteca.

    Revisa las advertencias de FastQC sobre el contenido de las secuencias junto con el resumen de la ejecución de RNA-seq bulk.

    A continuación, revisa las estadísticas de Salmon en el mismo informe. Las tasas de mapeo, las asignaciones del tipo de biblioteca y los indicadores de duplicación ofrecen una forma rápida y concisa de comprobar que todo esté listo antes del análisis de expresión diferencial.

    Examina las estadísticas de Salmon sobre alineamiento y tipo de biblioteca en el informe de MultiQC generado.

    La matriz de conteos a nivel de genes resultante se guarda como un artefacto reutilizable. Ábrela en ChatGPT para confirmar que contiene las muestras y características esperadas; luego, consérvala junto con los datos de procedencia de la ejecución para el análisis posterior.

    Abre la matriz de conteos a nivel de genes generada para revisarla posteriormente.

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