Codex use case
scRNA-seq 데이터 주석 처리
한 채팅에서 단일 세포 QC, 세포 주석, UMAP을 검토하세요.
NGS Analysis 플러그인과 ChatGPT를 사용해 10x 형식의 매트릭스 번들을 QC 필터링을 거친 단일 세포 아티팩트, 임계값 선정 근거가 포함된 필터링 요약, 주석, UMAP으로 변환하세요. 결과는 같은 채팅에서 검토하고 수정할 수 있습니다.
적합한 대상
- 카운트 생성 후 매트릭스 수준의 QC, 주석 처리 및 시각화를 수행하는 단일 세포 분석 팀.
- 선정 근거가 명확한 임계값으로 필터링하고, 제거되거나 플래그가 지정된 세포의 감사 가능한 기록을 남겨야 하는 연구자.
- 생성된 그림과 시각화 인덱스를 포함하고 노트북이나 앱으로 전달할 수 있는 이식 가능한 검토 환경을 원하는 팀.
Contents
scRNA-seq 데이터 주석 처리
한 채팅에서 단일 세포 QC, 세포 주석, UMAP을 검토하세요.
NGS Analysis 플러그인과 ChatGPT를 사용해 10x 형식의 매트릭스 번들을 QC 필터링을 거친 단일 세포 아티팩트, 임계값 선정 근거가 포함된 필터링 요약, 주석, UMAP으로 변환하세요. 결과는 같은 채팅에서 검토하고 수정할 수 있습니다.
NGS Analysis 플러그인과 ChatGPT를 사용해 10x 형식의 매트릭스 번들을 QC 필터링을 거친 단일 세포 아티팩트, 임계값 선정 근거가 포함된 필터링 요약, 주석, UMAP으로 변환하세요. 결과는 같은 채팅에서 검토하고 수정할 수 있습니다.
관련 링크
적합한 대상
- 카운트 생성 후 매트릭스 수준의 QC, 주석 처리 및 시각화를 수행하는 단일 세포 분석 팀.
- 선정 근거가 명확한 임계값으로 필터링하고, 제거되거나 플래그가 지정된 세포의 감사 가능한 기록을 남겨야 하는 연구자.
- 생성된 그림과 시각화 인덱스를 포함하고 노트북이나 앱으로 전달할 수 있는 이식 가능한 검토 환경을 원하는 팀.
스킬 및 플러그인
- 단일 세포 카운트 생성 후 QC를 실행하고 필터링, 시각화, 주석 및 노트북 아티팩트를 반환합니다.
| Skill | Why use it |
|---|---|
| NGS Analysis | 단일 세포 카운트 생성 후 QC를 실행하고 필터링, 시각화, 주석 및 노트북 아티팩트를 반환합니다. |
시작 프롬프트
스킬 활용하기
NGS Analysis 플러그인에는 다음 항목이 포함됩니다:
ngs-analysis-routerscrna-seq-qcngs-scrna-seq
이 플러그인을 사용하면 ChatGPT가 패키지로 제공되는 모든 스킬을 활용할 수 있습니다.
단계별 가이드
- ChatGPT가 사용할 적절한 매트릭스, 바코드, 유전자 또는 특성, 매니페스트, 데이터 세트 메타데이터를 지정하거나 정확한 파일 참조를 제공하세요.
- 관측된 분포를 바탕으로 ChatGPT가 QC 임계값을 선택하고 그 근거를 실행 아티팩트에 기록하도록 스타터 프롬프트를 실행하세요.
- 시각화 인덱스와 검토용 노트북 또는 앱을 열어 QC 통과/실패 세포 수, UMAP, 주석 신뢰도를 확인하세요.
- 같은 채팅에서 계속 임계값을 조정하거나, 데이터에 맞는 참조 아틀라스를 제공하거나, 더블릿 탐지 차단을 해제한 후 다시 실행하세요.
결과
이 실행은 필터링된 매트릭스뿐 아니라 필터링 결정을 검토할 수 있는 환경도 제공합니다. 먼저 임계값 선정 근거 플롯과 QC 요약을 확인하여 각 필터에서 제거되거나 플래그가 지정된 세포 수를 파악하고, 선택한 컷오프가 관측된 분포에 부합하는지 확인하세요.
그런 다음 생성된 UMAP을 대분류 레이블과 Leiden 클러스터별로 확인하세요. 이러한 시각화를 활용하면 주석 누락이나 의심스러운 클러스터, 재검토가 필요한 임계값 선택을 더 쉽게 식별할 수 있습니다.
마지막으로 세포 수준 지표와 필터링 결과를 검토하세요.
ChatGPT는 필터링된 .h5ad 파일 및 시각화 아티팩트와 함께 이 테이블을 보존합니다.
따라서 같은 채팅에서 임계값을 조정해도
1차 처리의 근거가 유지됩니다.
관련 사용 사례
bulk RNA-seq 입력 검증
ChatGPT에서 NGS Analysis 플러그인을 사용해 샘플 시트, FASTQ, 참조 데이터를 검증한 다음, 차등 발현 분석 전에 MultiQC, Salmon...
단백질 접힘 모델 탐색
Codex를 Goal Mode와 함께 사용해 AlphaFold2의 새로운 아키텍처 변경을 연구하고 구현하여 단백질 접힘 성능을 개선하세요.
약물 표적 우선순위화
ChatGPT와 Life Science Research 플러그인을 사용해 엔터티를 정규화하고, 유전학·코호트·임상·문헌·발현 근거를 병렬로 수집하며, 각 증거 영역을...